對于企業資產重組中涉及的增值稅問題，國家稅務總局在2011年下發了《國家稅務總局關于納稅人資產重組有關增值稅問題的公告》（國家稅務總局公告2011年13號，以下簡稱13號公告），明確：納稅人在資產重組過程中，通過合并、分立、出售、置換等方式，將全部或者部分實物資產以及與其相關聯的債權、負債和勞動力一并轉讓給其他單位和個人，不屬于增值稅的征稅范圍，其中涉及的貨物轉讓，不征收增值稅。 13號公告只是解決了企業在資產重組過程中，涉及到貨物的轉讓環節的增值稅處理問題。對于資產重組過程中，如果原企業存在增值稅留抵稅額如何進行處理，13號公告并沒有明確，這就導致了在稅收實踐中存在一定爭議。 對于這個問題，國家稅務總局今年下發了《國家稅務總局關于納稅人資產重組增值稅留抵稅額處理有關問題的公告》（國家稅務總局公告2012年55號，以下簡稱55號公告）。該公告規定：增值稅一般納稅人（以下稱“原納稅人”）在資產重組過程中，將全部資產、負債和勞動力一并轉讓給其他增值稅一般納稅人（以下稱“新納稅人”），并按程序辦理注銷稅務登記的，其在辦理注銷登記前尚未抵扣的進項稅額可結轉至新納稅人處繼續抵扣。
對于55號公告的規定，我們需要關注以下三個方面問題：
第一：55號公告規定的增值稅留抵稅額結轉抵扣的適用條件。雖然55號公告規定了資產重組中原增值稅納稅人的留抵稅額可以結轉抵扣，但是這種結轉抵扣需要同時滿足以下四個條件：第一個條件是資產重組中的原納稅人必須是增值稅一般納稅人，這個是理應具備的條件。因為，如果是小規模納稅人不會涉及留抵稅額問題。第二個條件是資產重組中，新納稅人也必須是增值稅一般納稅人，這個也是留抵稅額能夠結轉抵扣的必要條件。以上兩個條件比較好理解。第三個條件是原增值稅一般納稅人在資產重組中，必須是將全部而不能僅僅是部分資產、負債和勞動力一并轉讓給其他增值稅一般納稅人，這一點非常重要。因為13號公告規定的企業資產重組中規定的貨物轉讓不征收增值稅，既涉及到全部資產、負債和勞動力一并轉讓，也涉及到部分資產、負債和勞動力一并轉讓。而55號公告中能夠實現原增值稅一般納稅人留抵稅額結轉抵扣的情況必須是全部資產、負債和勞動力一并轉讓。但是，滿足以上三個條件還不足以實現資產重組中增值稅留抵稅額的結轉抵扣，55號公告規定的第四個條件是，原增值稅一般納稅人在將全部資產、負債和勞動力一并轉讓給其他增值稅一般納稅人后，必須要按程序辦理注銷稅務登記的，只有在申請辦理注銷稅務登記時，才能在注銷前將尚未抵扣的進項稅額可結轉至新納稅人處繼續抵扣。我們需要注意，納稅人在資產重組過程中，將全部資產、負債和勞動力一并轉讓給其他納稅人后，原納稅人既可以注銷，也可以不注銷。如果納稅人在將部資產、負債和勞動力一并轉讓給其他納稅人后，辦理稅務和工商注銷手續，實際上屬于資產重組中的企業合并形式。如果納稅人在將全部資產、負債和勞動力一并轉讓給其他納稅人后不注銷，資格仍然保留，實際屬于資產重組中的整體資產轉讓形式。而55號公告規定要求原增值稅納稅人留抵稅額能結轉抵扣，必須要在將全部資產、負債和勞動力一并轉讓給其他增值稅一般納稅人（以下稱“新納稅人”），并按程序辦理注銷稅務登記，實際上是明確了只有在13號公告資產重組的企業合并這種形式，才能獲得增值稅留抵稅額的結轉抵扣。 第二，不同企業合并形式中的增值稅留抵稅額的處理。通過第一個問題的分析我們基本明確，實際上55號公告中規定的企業資產重組中的增值稅留抵稅額結轉抵扣的情況指的是企業合并中的問題。但是根據《公司法》第一百七十三條規定，公司合并實際包括兩種情形：吸收合并和新設合并。一個公司吸收其他公司為吸收合并，被吸收的公司解散。兩個以上公司合并設立一個新的公司為新設合并，合并各方解散。例如A公司合并B公司，B公司解散，屬于吸收合并。如果A公司和B公司合并后都解散，同時并入新成立的公司C，屬于新設合并。對照55號公告的規定，是否這兩種形式的合并都能適用55號公告的增值稅留底稅額結轉抵扣的情形呢，我們需要詳細進行分析。吸收合并的情形比較好把握。假設A公司吸收合并B公司，B公司全部資產、負債和勞動力一并轉讓給A公司后，解散注銷。此時，只要A公司和B公司都是增值稅一般納稅人，就可以符合55號文規定的條件。在新設合并中，假設A公司和B公司合并后解散，成立新公司C，此時能否適用55號公告規定呢？從55號公告的規定來看，應該沒有否定這種情況的適用。只不過在新設合并中，“原納稅人”從一個企業變為兩個（或多個）企業，這里假設是A和B。“新納稅人”指的是新設合并中新成立的企業，這里假設是C。要符合55號文規定的條件，新設公司C首先必須是一般納稅人，這個在制度上沒有障礙。因為，根據《增值稅一般納稅人資格認定管理辦法》（國家稅務總局令第22號）第四條規定，新開業的納稅人，可以向主管稅務機關申請一般納稅人資格認定。但是，在具體的實務中，重組各方應提前謀劃，把握好當地國稅機關對于新開業企業一般納稅人的認定條件和申請程序，防止新設企業因無法認定為一般納稅人而喪失留抵稅額結轉抵扣的待遇。新設合并中，第二個條件可能存在爭議，需要企業提前關注。從我們通常理解，在新設合并中，只要原被合并方中有一個是增值稅一般納稅人（即不需要原被合并方全部是增值稅一般納稅人），且新設公司也是增值稅一般納稅人，原被合并方中增值稅一般納稅人的留抵稅額就應該能結轉到新設公司繼續抵扣。比如，A公司和B公司合并后解散，成立新公司C。如果A公司是增值稅一般納稅人，但B公司只是小規模納稅人，如果C公司一設立就被認定為一般納稅人，那A公司的留抵稅額能否結轉到C公司繼續抵扣呢？從道理上分析應該是可以的。但是根據55號公告的字面規定，似乎要求“原納稅人”必須是增值稅一般納稅人才可以適用。因此，如果在新設合并中，原被合并方中有小規模納稅人，企業需要關注這種政策風險，提前咨詢當地稅務機關的政策把握尺度。如果當地稅務機關不認可，企業就需要提前謀劃。如果僅僅是兩個企業的新設合并，則只能走吸收合并的方式，用增值稅一般納稅人吸收合并小規模納稅人。如果涉及多個企業的新設合并，則可以分兩步走，先將增值稅一般納稅人新設合并，然后用新設企業吸收合并小規模納稅人。 第三，增值稅留底稅額結轉抵扣的程序。根據55號公告的規定，為實現資產重組中，原納稅人留抵稅額順利結轉到新納稅人處繼續抵扣，原納稅人主管稅務機關應認真核查納稅人資產重組相關資料，核實原納稅人在辦理注銷稅務登記前尚未抵扣的進項稅額，填寫《增值稅一般納稅人資產重組進項留抵稅額轉移單》（一式三份），原納稅人主管稅務機關留存一份，交納稅人一份，傳遞新納稅人主管稅務機關一份。新納稅人主管稅務機關應將原納稅人主管稅務機關傳遞來的《增值稅一般納稅人資產重組進項留抵稅額轉移單》與納稅人報送資料進行認真核對，對原納稅人尚未抵扣的進項稅額，在確認無誤后，允許新納稅人繼續申報抵扣。特別是在新設合并中，企業必須要提前謀劃好相關程序。在原被合并企業稅務登記注銷前，企業可能需要先將新設公司的稅務登記和一般納稅人認定手續辦理好，否則會影響到《增值稅一般納稅人資產重組進項留抵稅額轉移單》的開具，這一點納稅人要和涉及的稅務機關事先咨詢好。
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