2012年3月，M公司將資本公積3000萬元全部轉增注冊資本資本，轉股后，張先生名下的注冊資本為1500萬元，李先生名下注冊資本為1000萬元，A創投機構名下注冊資本為2500萬元。
2012年4月，自然人股東李先生將其持有的20%股權作價2000萬元轉讓給張先生，C創投機構將持有的50%股權作價4500萬元也轉讓給張先生，至此張先生持有M公司100%股權。
稅收分析：
（一）A創投機構稅收分析
1、A創投機構投資時
A創投機構投資時，該項投資行為不涉及企業所得稅問題。同時M公司接受投資的行為，雖然形成了3000萬元的資本溢價，但其仍屬于投資者的投入，不屬于納稅范圍。
2、M公司用3000萬資本公積轉增資本時
此時，雖然A公司持有M公司的注冊資本金額由1000萬元，增長到2500萬元，但是資本溢價屬于投資者投入的一部分，而所得稅應當是對股東投入成本取得的所得征稅，而不能對投入成本本身征稅，資本溢價和注冊資本都是股東投入的組成部分，其身份轉換，并不能產生所得，因此A創投機構對轉股的1500萬元資本公積不確認所得。
《國家稅務總局關于貫徹落實企業所得稅法若干稅收問題的通知》（國稅函[2010]79號）文件對此作出了明確的規定：投資企業將股權（票）溢價所形成的資本公積轉為股本的，不作為投資方企業的股息、紅利收入，投資方企業也不得增加該項長期投資的計稅基礎。即，在該項轉股過程中，A創投機構不能認為取得了1500萬元的股息、紅利，同時其投資的計稅基礎4000萬元也不能變化。
3、A創投機構轉讓股權時
A創投機構轉讓股權所得=4500-4000=500（萬元）
A公司繳納企業所得稅=500萬×25%=125（萬元）
《企業所得稅法實施條例》第56條規定，企業的各項資產，包括投資資產等，以歷史成本為計稅基礎。歷史成本，是指企業取得該項資產時實際發生的支出。因此，A創投機構投資時實際發生的支出4000萬元，作為計稅基礎，雖歷經M公司資本公積轉股不做變化。
（二）李先生的稅收分析
1、A創投加入前對M公司評估時
A創投機構投資時對M公司進行了評估，此時M公司估值為4000萬元，李先生持股40%，其持有股權的公允價值為1600萬元，而李先生投資成本僅為400萬元，雖然此時李先生持有股權實際上已經增值，但是該項增值未得到實現，根據所得實現方可納稅的基本規則，李先生的所得尚未實現，因此無納稅義務。
2、A創投機構投資時
A創投機構投資后，M公司的所有者權益變為5000萬元，李先生持股比例由40%稀釋為20%，所有者權益由400萬元變為1000萬元，增加了600萬元。
一種觀點認為，由于A創投機構的加入，李先生的所得得到了實現，即李先生轉讓了20%股份給A創投機構，得到了600萬元所得。例如：大連地稅局《關于明確個人所得稅征收管理若干具體問題政策適用的通知》（大地稅函[2009]211號）第三條第二款規定：股東因企業追加投資而從其他股東支付的溢價中取得個人收益時，按照“利息、股息、紅利所得”項目征收個人所得稅。
但這并不是主流觀點，也未得到總局的認可，且何為“從其他股東支付的溢價中取得個人收益”，其理解也存在模糊之處。
其實，對于李先生而言，即使A創投機構沒有加入，其投資資產也已經從400萬元增值到1600萬元，共增值1200萬元。只不過由于A創投機構的加入，使得其中的600萬元顯性而已，李先生只是被動稀釋股份，并沒有轉讓股份，其所得并沒有實現，此時對李先生征稅缺乏稅法依據。
3、M公司轉股時
M公司資本公積轉增資本后，李先生的注冊資本金額變為了1000萬元，且轉股的600萬元為A創投機構投入的，此時對李先生是否征稅就產生了爭議：
第一種意見：對李先生不征稅，但是其計稅基礎仍然按照400萬元確認。未來李先生轉讓股權給張先生時1200萬元資產隱含增值全部實現。
（1）資本溢價轉股時，不征稅，也不增加李先生的計稅基礎，其計稅基礎按照初始投資成本確認。
（2）李先生轉讓股權時，盡管其賬面注冊資本為1000萬元，但是所得=1600萬-400萬=1200萬元，李先生應該繳納個人所得稅240萬元。
以上做法，同企業所得稅的規定是相符的。筆者認為按照這種做法比較合理。一是，李先生此時并未實際取得現金流，雖然A投資機構的加入為M公司帶來了現金流，但是該現金流依然沉淀在M公司，李先生并沒有取得，就如在A投資機構沒有投資以前，M公司也可能沉淀利潤現金流，但是該項利潤也未被李先生實際取得一樣，不符合所得實現的基本規則；二是，資本溢價轉增資本，說到底是股東投入成本的一部分（資本溢價）轉為另一種表現形式（注冊資本）而已，其本質都是投資者投入成本的劃轉，并非股東投入成本賺取的利潤，而所得稅是對股東投入成本賺取的利潤征稅，而不能對股東投入成本征稅。正如蘋果樹理論所言，所得稅是對蘋果樹結下的蘋果征稅，而絕不能對蘋果樹本身征稅。雖然A創投機構投入的溢價轉到了李先生注冊資本賬面上，但在李先生沒有實際取得之前，只不過是賬面結轉的“水中花、鏡中月”而已。三是，如果此時對李先生征稅，由于李先生并未取得現金，其缺乏納稅能力，雖然可以規定由M公司在溢價中扣繳，但會明顯減弱M公司融資的效果，也并非良策。四是，個人所得稅作為劫富濟貧的“羅賓漢”稅，對富人征稅固然解氣，但總得等到富人實際取得現金流后再征稅，才更加妥當，否則竭澤而漁，只能損害投資的效率。
可惜筆者認為合理的第一種觀點并不符合現行稅收政策，現行政策規定對有限責任公司的資本溢價轉增資本當時就要征收個人所得稅，而不是待該項股權轉讓時再行確認。
第二種觀點（現行稅政），對李先生資本溢價600萬元轉增資本按照股息紅利征收20%個人所得稅，同時增加李先生持有股份的計稅基礎。
（1）資本溢價轉注冊資本時，對李先生征收個人所得稅=600萬×20%=120（萬元）
（2）李先生持股成本由400萬元增加為1000萬元。
（3）未來李先生轉讓股權給張先生時繳納個人所得稅=（1600-1000）×20%=120（萬元）
李先生兩次合計繳納個人所得稅240萬元，同第一種意見最終繳納的個人所得稅相同，不過第二種意見李先生在并未實際取得所得時，已經提前繳納了120萬元個人所得稅。
《國家稅務總局關于股份制企業轉增股本和派發紅股征免個人所得稅的通知》（國稅發[1997]198號）文件規定，股份制企業用資本公積金轉增股本不屬于股息、紅利性質的分配，對個人取得的轉增股本數額，不作為個人所得，不征收個人所得稅。
但是《國家稅務總局關于原城市信用社在轉制為城市合作銀行過程中個人股增值所得應納個人所得稅的批復》（國稅函[1998]289號）文件又規定，《國家稅務總局關于股份制企業轉增股本和派發紅股征免個人所得稅的通知》（國稅發[1997]198號）中所表述的“資本公積金”是 指股份制企業股票溢價發行收入所形成的資本公積金。將此轉增股本由個人取得的數額，不作為應稅所得征收個人所得稅。而與此不相符合的其他資本公積金分配個人所得部分，應當依法征收個人所得稅。
就是根據上述文件，得出結論，除了股份公司股票溢價轉增資本不必繳納個人所得稅以外，有限責任公司資本溢價轉增資本根據現行稅法規定，應該繳納個人所得稅。
國家稅務總局之所以規定有限責任公司資本溢價轉增資本征收個人所得稅，是由于在出臺文件的1998年當時，即使上市公司的原始股股東轉讓股票也不征收個人所得稅。因此如果對有限責任公司資本溢價轉增資本不征收個人所得稅，未來如果有限責任公司上市后，其股權折股后轉讓股票又不征稅，該項所得就永遠征收不到了。因此，在出臺政策當時，對有限責任公司股東資本溢價轉增注冊資本征稅，具有堵塞稅收漏洞的一面，有一定的合理性。而對于股票溢價轉增股本，原本轉讓股票不征收個人所得稅，是出于鼓勵股票市場發展的目的，因此股票溢價轉增股本自然也就不征收個人所得稅了。值得注意的是，這里的股票溢價既包括公開發行股票的上市公司，也包括不公開發行股票的上市公司，只要是股票溢價轉增資本均不征收個人所得稅。
然而，2010年1月1日以后，根據財稅[2009]167號文件規定，對ipo上市的限售股股東轉讓股票也要按照財產轉讓所得征收20%個人所得稅，因此國稅函[1998]289號文件堵塞稅收漏洞的前提已經不存在，因此筆者以為，總局應該研究是否改變這種對所得尚未實現就征稅的政策，改為無論有限責任公司還是股份公司，其資本（股票）溢價轉增資本時，均不征收個人所得稅，將納稅環節定在轉讓股權時，以符合稅法基本原理。
（三）對張先生繳納個人所得稅的分析同李先生。
案例二：
張先生持有M公司100%股權，M公司注冊資本為1000萬元；王先生于2012年1月以1200萬元投資于M公司，其中1000萬元為注冊資本，200萬元為資本公積；2012年2月，李先生以2000萬元入股，其中1000萬元為注冊資本，1000萬元為資本公積；至此，M公司注冊資本為3000萬元，資本公積為1200萬元，張、王、李三位先生各占三分之一股份。
2012年3月，為了達到資質要求，M公司用1200萬元資本公積轉增資本，轉增資本后，三位股東賬面注冊資本均為1400萬元。
2012年4月，王先生將其持有的33.33%的股份全部轉讓原股東張先生，取得股權轉讓所得1400萬元；李先生將其持有的33.3%股權也轉讓給了張先生，取得股權轉讓所得2000萬元。
稅收分析：
（一）張先生的納稅分析
根據國稅函[1998]289號文件規定，張先生在資本溢價轉增資本時，由于新股東的加入，取得了溢價部分，應該繳納個人所得稅400萬×20%=80（萬元）
（二）王先生的納稅分析
對于王先生來說，投資入股時，形成了200萬資本公積，而資本公積轉增資本部分是400萬元，因此可以看做轉增資本的400萬資本公積中，有200萬元是由王先生自身投入的，其并沒有取得所得，無需繳納個人所得稅，也不能增加計稅基礎，而剩余的200萬部分是王先生從李先生投資增加的資本公積1000萬元中得到的，因此應該征收個人所得稅，并同時增加計稅計稅。
1、資本公積轉增注冊資本時
王先生繳納個人所得稅=200萬×20%=40（萬元）
2、王先生轉讓股權時
王先生繳納個人所得稅=1400-（1200+200）=0
（三）李先生的納稅分析
由于李先生投資時產生了1000萬元的資本公積，而李先生資本公積轉增資本部分只有400萬元，因此可以認定李先生是以自身投入的資本公積轉增資本不應征收個人所得稅，其計稅基礎保持2000萬元不變。
李先生轉讓股權時，股權轉讓所得為0，李先生平進平出，不繳納個人所得稅。
（四）對張、王、李三位股東均按照400萬所得額征收個人所得稅的觀點不妥。
目前，還有一種觀點是，在資本公積轉增資本時，張、王、李三位股東均對資本公積轉股金額400萬元征收個人所得稅，并同時增加投資的計稅基礎。個人認為，對資本公積轉增資本已屬不妥，這種計稅方式更為不妥。在本例中，王先生和李先生的納稅就會變為 ：
1、資本公積轉增資本時
王先生個人所得稅=400萬×20%=80（萬）
李先生個人所得稅=400萬×20%=80（萬）
2、王先生轉讓股權時
王先生個人所得稅=1400萬-（1200+400）=-200（萬元）
李先生個人所得稅=2000萬-（2000+400）=-400（萬元）
王先生和李先生居然都出現了股權轉讓虧損，而之所以造成這種情況，就是由于前述資本公積轉增資本時，一律按照轉股數額征收個人所得稅的結果。轉股時繳納的稅款，在股權轉讓時轉化為了計稅基礎，在沒有足夠股權轉讓所得的情況下（如李先生至少按照2400萬元轉讓），會導致自然人在實際沒有所得的情況下，多繳納了個人所得稅。這一點從李先生納稅情況更為明顯，李先生投入2000萬元投資成本，轉讓股權取得收入也為2000萬元，其結果卻是400萬元資本公積轉增資本部分繳納了個人所得稅，而這400萬元又形成了股權轉讓虧損，顯然不合理。
綜上所述，可以得出三個結論：
第一，對于新股東加入后產生的溢價，老股東何時繳納個人所得稅的問題，可以分為三種意見，一是在增資擴股產生溢價時，二是在資本溢價轉增資本時，三是在股東轉讓股權時。目前對限責任公司資本溢價轉增資本，現行稅收政策明確要求繳納個人所得稅，但是在上市公司限售股轉讓已經繳納個人所得稅的政策環境下，筆者以為該政策有進一步研究改善的空間；
第二，資本公積轉增資本繳納個人所得稅后，股東應該增加其股權的計稅基礎，雖然稅法中對此無明確界定，但其屬于基本稅法原理，在實踐中應當不會存在異議；
第三，有限責任公司資本公積轉增資本是只對取得新股東投入資本公積的原股東征稅，還是對所有股東資本公積轉增資本部分一律征收個人所得稅，目前政策并不明確，筆者以為，應該只對原股東征稅。
期待，總局進一步明確稅政，并完善配套政策。
