先看一個案例
A物資公司（以下簡稱A公司）名下一宗國有工業劃撥地，通過武漢市土地交易中心辦理土地委托交易，最終由B房地產開發公司（以下簡稱B公司）以4.8億元成交總價競得該宗土地使用權，土地用途和性質同時變更為國有商業出讓地。B公司按4.8億成交價款與國土部門簽訂《國有建設用地出讓合同》，但實際只需向政府支付2.4億元，即成交價款的50%，作為政府土地收益，取得正式財政收據；其余2.4億元作為土地補償價款直接支付給A公司，與A公司簽訂《國有土地轉讓補償協議》并取得正式發票。
那么問題來了
1、土地委托交易應認定為國有土地使用權出讓，還是國有土地使用權轉讓？前者屬于土地一級市場，后者屬于土地二級市場，算轉讓吧，但B公司是與政府簽訂的出讓合同，并重新計算土地使用年限；算出讓吧，但B公司又與A公司簽訂了補償協議，并且支付了款項。而且，政府并未事先收回國有土地使用權，如何出讓呢？
2、如果土地委托交易被認定為土地使用權轉讓行為，那么A公司應納土地增值稅的應稅收入如何確定？具體來講，本案中，A公司的應稅收入應確定為4.8億元（即B公司實際摘牌價），還是實際取得的2.4億元？
3、接著上面的問題，土地增值稅的扣除項目又如何確定，允許扣除哪些項目？
上面幾個問題，第1個問題是關鍵，這得扒一扒土地委托交易的實質
根據我國土地管理相關規定，劃撥土地使用權是不能直接轉讓的，轉讓土地也不得改變土地用途，都必須先由原土地使用權人重新辦理土地出讓手續（土地變性與改變用途）并補繳土地出讓金，然后再按規定實施轉讓。這就是所謂的“先出讓后轉讓”、“先一級市場后二級市場”的“兩步走”方式。
武漢市實施的土地委托交易實質上是將上述“兩步走”方式簡并為“一步走”，即直接按最終土地用途進行招拍掛出讓，通過公開競拍形成土地成交價格。最終競得人支付的土地成交價款，一部分是按一定比例核定的政府土地收益，由競得人直接向政府繳納；一部分作為土地補償價款，由競得人支付給原土地使用權人。這種“一步走”方式，細思恐極，轉讓不像轉讓，出讓不像出讓，致使稅務處理有些棘手！
存在即合理！武漢市的土地委托交易制度當然有它的創新之處，但稅務處理還得還原土地委托交易的本來面目，即將土地委托交易還原為“先變性、后轉讓”兩個環節，將最終競得人直接向政府上繳的土地收益理解成實為代原土地使用權人向政府支付（但原土地使用權人又未取得相應財政收據），則上述另外兩個問題也迎刃而解：
對于第2個問題，土地委托交易應按實際委托成交價（即競得人實際摘牌價）全額確定土地增值稅應稅收入，本案中，A公司的應稅收入應確定為4.8億元。
對于第3個問題，在計算本次土地委托交易中A公司應納土地增值稅稅額時，B公司代A公司向政府上繳的土地收益應允許作為扣除項目扣除。至于A公司缺少合法有效憑據的問題，則必須實事求是，進行特殊處理：可憑B公司上繳政府土地收益的財政收據復印件和與B公司簽訂的《國有土地轉讓補償協議》予以計算扣除。這里還可以試想一下，上面如果將A公司的應稅收入僅確定為實際取得的2.4億元，那么，劃撥土地使用權基本無土地成本扣除，地上建筑物成本又不高，土地價值溢價巨大，必然導致最終算出的土地增值稅稅負畸高，細思恐極 1！
點評本案
隨著城市化進程的加速推進，過去的城郊地段現在變成了繁華鬧市，土地價值在飆升！部分企業和單位也希望分享城市發展收益，讓渡繁華地段土地，以獲取發展資金。但原有土地往往是工業、教育或公益用途的劃撥土地，只有實現土地變性并改變土地用途為商業出讓地，才能真正實現“寸土寸金”，如果僅僅只是被政府按原土地用途收儲顯然無法達到目的。武漢市的土地委托交易制度兼顧了各方利益，大大減少政府和企業的資金壓力，通過公開競拍的方式，實現了政府和企業收益最大化，符合市場規律。但土地委托交易制度中涉及的土地增值稅問題務必在事前經過仔細測算，加以認真對待。
