（2）國稅發(fā)[2008]88號文件規(guī)定“不符合規(guī)定的發(fā)票不得作為稅前扣除的憑證。”只是否定了違規(guī)發(fā)票作為合法憑據的效力，但并沒有排除通過其他合法有效的證據來證明課稅事實確實發(fā)生的可能。在企業(yè)所得稅管理中，發(fā)票所要證明的課稅事實是發(fā)票所記載的某一筆交易是否真實發(fā)生，關于交易的真實性，在本案中除了發(fā)票之外，還有合同、收據、稱重單等多個證據可以證明，發(fā)票只是證明成本是否發(fā)生的證據之一，但不是惟一的證據，更不能把發(fā)票本身直接當作扣除項目來理解。
2、善意取得虛開增值稅發(fā)票所支付貨款不予以稅前扣除有違《企業(yè)所得稅法》法律規(guī)定。
《企業(yè)所得稅法》第八條規(guī)定：企業(yè)實際發(fā)生的與取得收入有關的、合理的支出，包括成本、費用、稅金、損失和其他支出，準予在計算應納稅所得額時扣除。《企業(yè)所得稅法實施條例》第二十七條規(guī)定：企業(yè)所得稅法第八條所稱有關的支出，是指與取得收入直接相關的支出。所稱合理的支出，是指符合生產經營活動常規(guī)，應當計入當期損益或者有關資產成本的必要和正常的支出。
從上述法律規(guī)定本身的理解及其精神看，發(fā)生的支出能夠作為成本、費用扣除的關鍵條件是，支出必須真實、合法。但綜觀現行稅法之規(guī)定，沒有任何法律條文明確規(guī)定，將發(fā)票作為稅前扣除的惟一憑證。如果根據國稅發(fā)[2008]88號文件，對善意取得的增值稅專用發(fā)票在計算企業(yè)所得稅時不允許扣除，這種做法顯然與“合理支出”、“符合生產經營活動常規(guī)”這一法律、法規(guī)的規(guī)定是不一致的。
事實上，所發(fā)生的支出是真實的、合法的，并有適當地憑據用以證明支出的真實合法性，而且被申請人對其真實合法性也已經確認，那么該項支出應根據其實際性質，進行稅前扣除。
二、善意取得虛開增值稅發(fā)票所支付貨款不予以稅前扣除與善意取得制度價值取向不符。
善意取得制度是均衡所有權人和善意受讓人利益的一項制度，當所有權人與善意受讓人發(fā)生權利沖突時，側重保護善意受讓人的利益，而對原所有權進行合法、合理的限制。這種犧牲原權利人利益的根本目的在于保護正常的市場交易關系，保護善意的交易相對人，以維護市場交易安全、促進社會經濟秩序之穩(wěn)定。因為任何善意受讓人在進行市場交易時，都是基于對讓與人及其所有權的無瑕疵（或權利保真）事實的一種信賴，而善意取得制度正是對這種交易信賴和交易安全的一種保護。如果法律對此信賴置之不理，則交易勢必難以進行，因為由相對人去查知讓與人是否為所有人、有無處分權，交易成本甚大。善意取得制度是民法的誠實信用原則與公平原則的典型體現，善意取得制度中的相對人在主觀上的“善意”、無過錯，客觀上的穩(wěn)定的財產占有關系，都是法律對相對人進行保護的價值依據。
同理，在打擊利用虛開增值稅專用發(fā)票違法犯罪活動的同時，也要注重保護在商品交易中對于虛開行為并不知情且無過錯的善意受票人的合法權益，以維護交易的穩(wěn)定性與安全性。《國家稅務總局關于納稅人善意取得虛開增值稅稅專用發(fā)票處理問題通知》（國稅發(fā)[2000]187號）確立了善意取得制度，在本案已經確定受讓人為善意、交易和支出是真實的情況下，還要求善意受讓人補繳所得稅，該做法明顯對善意受票人的利益保護不足，與善意取得的制度價值不相符合，不利于維護交易秩序。
三、善意取得虛開增值稅發(fā)票所支付貨款不予以稅前扣除有違公平原則。
首先，收票方與開票方開展正常經營活動，收票方只能判斷上述文件規(guī)定的銷售方使用的是否是其所在省（自治區(qū)、直轄市和計劃單列市）的專用發(fā)票，專用發(fā)票注明的銷售方名稱、印章、貨物數量、金額及稅額等全部內容是否與實際相符。至于專用發(fā)票是否虛開，企業(yè)沒有能力核實，應該不應承擔責任。
其次，責任與過錯不對等，既然收票方取得虛開專用發(fā)票是善意的就應該沒有過錯，相應地應無需承擔責任，但決定要求善意取得人不予抵扣相應的支出，實質就是要收票企業(yè)承擔稅款流失的全部責任。
再次，虛開增值稅發(fā)票的行為人之所以能夠實施騙取國家稅款的行為，從客觀上講是因為增值稅制度設置存在漏洞，稅務稽查部門發(fā)現問題滯后、追查不力等多種原因形成的。如果進項稅款已經抵扣，專用發(fā)票是經過主管稅務機關驗證的，事后才發(fā)現發(fā)票為虛開，那么主管的稅務機關也應負相應責任。只要求收票企業(yè)全額轉出對應進項稅款，既不公平，也不利于稅務機關監(jiān)管水平的提高。
最后，就善意取得虛開的增值稅發(fā)票是否可以作為企業(yè)所得稅稅前列支依據這一問題，國家稅務總局并沒有作出明確規(guī)定。江蘇、浙江、北京等地國稅就曾明確規(guī)定善意取得的虛開的增值稅發(fā)票可以作為稅前列支的依據。同樣的情況各地處理不一，這樣的做法有違稅法的嚴肅性和公平性。在沒有明確的法律依據及統(tǒng)一的處理措施下，筆者認為稅務機關更應當本著有利于維護納稅人合法權益的原則進行處理。
依法治稅，不僅是國家稅收利益的最大化實現的保證，同時也是納稅人依法納稅，其合法權益不受侵害的保障；依法治稅，不僅表明法律、行政法規(guī)規(guī)定的國家稅收利益至高無上，不容侵犯，同時也肯定了國家稅收利益也要合法取得而不得非法占有納稅人的財產利益。從A市國稅局處理結果來看一方面弱化了納稅人的權益保護，一方面增加了稅收執(zhí)法風險，不利于創(chuàng)建和諧的征納關系。筆者認為，在打擊犯罪、保障國家稅收的同時，也應注重對善意受票人合法利益的保障，以維護市場交易的安全與穩(wěn)定。如果符合善意受票人的構成要件，在稅務機關認定其交易是真實合法的并有相應的憑證可以證明其真實性的情況下，其交易的支出應當予以稅前扣除，這樣的做法才能符合善意取得制度的價值基礎和法理本義。
