對于跨地區經營企業而言，匯總納稅是匯總企業面臨的一個普遍難題。這一征收方式實際操作過程復雜，匯總方式多樣，不確定因素增多，企業也由此面臨更大的稅務風險。本文列舉十條匯總納稅過程中企業應當著重關注的問題，為企業在這一特定納稅方式下正確應對提供參考。
風險一：分支機構未按稅款分配數額預繳所得稅，造成少繳稅款對其處罰
《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法》第八條明確，總機構應將本期企業應納所得稅額的50%部分，在每月或季度終了后15日內就地申報預繳。總機構應將本期企業應納所得稅額的另外50%部分，按照各分支機構應分攤的比例，在各分支機構之間進行分攤，并及時通知到各分支機構；各分支機構應在每月或季度終了之日起15日內，就其分攤的所得稅額就地申報預繳。分支機構未按稅款分配數額預繳所得稅造成少繳稅款的，主管稅務機關應按照《征收管理法》的有關規定對其處罰，并將處罰結果通知總機構所在地主管稅務機關。
風險二：未按規定報送分支機構所得稅分配表，主管稅務機關予以處罰
《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法》第十二條要求，分支機構未按規定報送經總機構所在地主管稅務機關受理的匯總納稅企業分支機構所得稅分配表，分支機構所在地主管稅務機關應責成該分支機構在申報期內報送，同時提請總機構所在地主管稅務機關督促總機構按照規定提供上述分配表；分支機構在申報期內不提供的，由分支機構所在地主管稅務機關對分支機構按照《征收管理法》的有關規定予以處罰；屬于總機構未向分支機構提供分配表的，分支機構所在地主管稅務機關還應提請總機構所在地主管稅務機關對總機構按照《征收管理法》的有關規定予以處罰。
風險三：不能分開核算營業收入、職工薪酬和資產總額的，不得計算分攤、繳納稅款
《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法》第十六條規定，總機構設立具有主體生產經營職能的部門，且該部門的營業收入、職工薪酬和資產總額與管理職能部門分開核算的，可將該部門視同一個二級分支機構，按本辦法規定計算分攤并就地繳納企業所得稅；該部門與管理職能部門的營業收入、職工薪酬和資產總額不能分開核算的，該部門不得視同一個二級分支機構，不得按本辦法規定計算分攤并就地繳納企業所得稅。
風險四：歷史遺留稅務瑕疵，面臨稽查補稅、罰款、繳納滯納金
通過瞞報數據、弄虛作假來逃避繳納稅款的企業，首先應對自己近年來的賬目進行一次全面清理，對存在的問題展開嚴格自查，必要的時候還應該聘請稅務中介機構進行“健康體檢”，如果需要補繳稅款的，應及時補繳稅款，以免稅務機關在加大管理力度后，將“陳年舊賬”翻出。屆時，如果企業被查出曾經偷逃稅款，不僅要補稅，還可能需要繳納滯納金和罰款。
風險五：匯總納稅技術處理復雜，可能增加相關成本費用
由于稅法和會計制度存在一定差異（新會計準則頒布實施后，差異愈加明顯），加之各地區稅務機關在理解及執行政策尺度、口徑上可能存在一定的差異，匯總納稅企業在開展匯算清繳工作時會有一定難度。此外，匯總納稅在技術處理上比較復雜，需要輔之以先進的內部監控審核手段，對所有涉稅流程進行嚴格規范，對企業的實際納稅操作提出了更高的要求，有可能增加相關成本。匯總（合并）納稅在技術處理上比較復雜，需要輔之以先進的內部監控審核手段，建立嚴格的內部控制制度，并對所有的涉稅流程都進行了嚴格的規范，在崗位設置、清繳手段、責任追究等方面都應有制度性的規定。
風險六：稅收分配方式的特殊性質，容易出現人為調節稅收收入
由于稅收分配方式的特殊性，跨地區經營匯總納稅企業存在諸多風險?，F行稅收分配體制實行匯總納稅企業當期應繳納的企業所得稅，50%在總機構所在地申報繳納，剩余的50%在各分支機構之間進行分配。這樣使總機構的稅收分配比例過高，一些分支機構所在地政府想辦法和總機構爭奪稅收收入，要求企業以獨立納稅企業身份經營，不允許以分支機構身份經營。同時，總機構以各分支機構的營業收入、職工薪酬、資產總額為基礎，對其稅收收入進行分配，三因素的權重分別為0.35、0.35和0.30。這樣，總機構控制稅收收入的權力過大，容易出現人為調節稅收收入的風險。
風險七：國稅地稅征管方式不一致，極易發生重復納稅問題
當前，在國、地稅共管企業所得稅體制下，由于企業所得稅與其他稅種的共生關系，以及國、地稅戶籍數據沒有實時共享，缺乏相互協調和配合，稅源管理手段薄弱，導致企業所得稅征管出現風險。匯總納稅企業往往跨地區經營，分支機構分布廣泛。應當特別注意由于由于國、地稅兩部門對企業所得稅政策理解程度不一致、執法力度不相同、人員素質有差異、征管措施有區別等原因導致的納稅重復。
風險八：缺乏法定匯總依據，加大納稅申報難度
跨地區經營匯總納稅將原有“所得稅申報表逐級匯總”方式，改變為總公司“全公司的會計數據匯總計算”。由于所得稅稅前扣除的管理、納稅調增調減事項處理的復雜性，總機構無法僅憑全公司的會計數據匯總計算所得稅，有的總機構在匯總會計數據的基礎上，向各分支機構下發企業自行編制的納稅調整事項表格，用以匯總調整事項金額；有的總機構匯總會計數據后統一進行納稅調整；更多的總機構延續原來的辦法，依然要求各級分支機構填報所得稅申報表再逐級匯總到總機構。這不僅給匯總納稅企業總部的稅收管理帶來了前所未有的壓力，同時由于沒有法定的匯總依據，多樣性的匯總方式導致企業的納稅風險難以估量。現行匯總納稅方式，由于缺乏法定匯總依據，導致了一定的稅收風險。企業所得稅匯總納稅的主體是總機構，但需要分支機構的配合才能完成。在具體匯總方式上五花八門，不僅給匯總納稅企業總部的稅收管理帶來壓力，同時由于缺乏法定匯總依據，多樣性的匯總方式導致匯總納稅風險難以估量。
風險九：施行預繳申報分攤稅款計算,分支機構難以享受稅收優惠
目前企業計算分支機構分攤稅款的方法主要依照國稅函[2009]221號文件進行計算，現行的計算方法主要在總分機構之間進行了兩次分攤計算：總機構和分支機構處于不同稅率地區的，先由總機構統一計算全部應納稅所得額，然后按照國稅發[2008]28號第十九條規定的比例和第二十三條規定的三因素及其權重，計算劃分不同稅率地區機構的應納稅所得額，再分別按各自的適用稅率計算出企業的應納所得稅額。然后再按照國稅發[2008]28號第十九條規定的比例和第二十三條規定的三因素及其權重，向總機構和分支機構分攤就地預繳的企業所得稅款。
該辦法主要是為解決總分支機構適用不同稅率時企業所得稅款計算和繳納問題，但在進行第一次分攤時，將應納稅所得額的50%分攤給總機構依據總機構的稅率計算出稅款的處理，會使分支機構不能完全到享受低稅率的優惠政策（總機構所在地一般都在城市發達地區，享受25%的稅率），在西部和沿海地區分支機構較多的企業集團受此政策的影響較大。例如中國電信股份有限公司由于該計算方法的變化，導致2009年分支機構未享受低稅率優惠而多繳納約2億元的稅款。這樣將導致國家為鼓勵西部地區和沿海地區的經濟發展而出臺的西部大開發地區稅收優惠政策、沿海地區優惠政策不能充分發揮其效能。
風險十：股權比例發生變化，當年不得享受合并納稅待遇
對成員企業的條件限制過嚴。只有母公司對其資產控股比例達到100%的子公司才能參加合并納稅，而且一旦股權比例發生變化，在發生變化的當年就要退出合并納稅，這種嚴格的限定不利于合并納稅政策的執行。隨著我國企業改革的深入，股份制已經成為發展趨勢，新成立的企業多采用股份制形式。此外，許多原來母公司100%控股的企業也改組為股份制企業，符合合并納稅條件的企業越來越少，這使合并納稅政策對于企業集團而言失去了應有的意義。 |
