國家發展改革委員會等部門2007年度第6號公告)進行核對，并以《企業研發項目登記信息告知書》形式，將研發項目登記號告知企業。
主管稅務機關核對時，對企業研發項目有異議的，應按照《試行辦法》第十三條規定，要求企業提供政府科技部門的鑒定意見書，同時，將該項目的信息上報市局。
企業在辦理企業所得稅匯算清繳時，應按《情況表》的項目分類，將實際發生的《試行辦法》第四條規定的研發費用金額，填入《企業所得稅年度納稅申報表》附表五(1)《研發項目可加計扣除研究開發費情況歸集表》中，并計算加計扣除金額。
二、本市企業集團集中進行的研發項目，由企業集團報送《情況表》其主管稅務機關予以受理，并按規定對項目屬性和項目實際發生的研發費用分攤方法進行復核，最終將復核結果告知本市參與項目研發集團各成員公司的主管稅務機關。
《試行辦法》第十九條規定的稅企雙方對企業集團集中研究開發費的分攤方法和金額有爭議的，如企業集團各成員公司皆在本市的，由本市相關主管稅務機關報市局協調解決，稅企雙方按照市國家稅務局、市地方稅務局的意見扣除實際分攤的研究開發費；如企業集團成員公司分設在不同省、自治區、直轄市和計劃單列市的，由本市相關主管稅務機關報市局轉呈國家稅務總局研究解決，稅企雙方按照國家稅務總局的最終意見扣除實際分攤的研究開發費。
四、除實行總機構匯總納稅辦法的企業和上年度應納稅所得額小于零或享受整體減免稅的企業外，對上年度按照《試行辦法》規定，實際享受企業研發費加計扣除優惠政策的居民企業，根據《國家稅務總局關于加強企業所得稅預繳工作的通知》（國稅函[2009]34號）規定，按實際利潤額預繳當年企業所得稅確有困難的，經稅務機關審核批準，可按上年度應納稅所得額的季度平均額預繳當年企業所得稅。企業可在每年的3月10日之前，向其主管稅務機關提出書面申請，并填報申請表（附后）。預繳方式一經確定，一個納稅年度內不得變更。
五、各主管稅務機關應做好企業研發費加計扣除稅收優惠政策的宣傳、輔導、提供咨詢等服務工作，在服務大廳電子顯示屏、電子觸摸屏和網站公示相關政策和操作規程。
六、各主管稅務機關應按照《試行辦法》和本市實施意見組織全面落實。每月終了后十日內，向市局報送研發項目資料匯總表；每年6月底前，向市局報送企業研發項目加計扣除情況匯總表、《關于企業研發費稅前扣除有關事宜的通知》回復情況表和政策執行情況的書面報告。市局將加強對各單位落實政策情況進行跟蹤檢查和考核。
附件:
1.《上海市企業研發項目情況表》（自主開發類）；
2.《上海市企業研發項目情況表》（委托開發類）；
3.《上海市企業研發項目情況表》（合作開發類）；
4.《上海市企業研發項目情況表》（集中開發類）；
5.《按上年度應納稅所得額季度平均額預繳企業所得稅申請表》
