假設2017年度甲企業(yè)全部應納稅所得額1000萬元，甲企業(yè)總分機構應納稅額計算如下（假設不考慮已預繳稅款）：
①分支機構A分攤比例=（400／1000）×0.35 （100／250）×0.35 （1000／3000）×0.30=38%；
分支機構B分攤比例=（600／1000）×0.35 （150／250）×0.35 （2000／3000）×0.30=62%；
②總機構應納稅所得額=1000×50%=500萬元；
分支機構A應納稅所得額=1000×50%×38%=190萬元；
分支機構B應納稅所得額=1000×50%×62%=310萬元。
③總機構應納所得稅額=500×25%=125萬元，其中：
分支機構A應納所得稅額=190×15%=28.5萬元；
分支機構B應納所得稅額=310×25%=77.5萬元；
合計應納所得稅=125 28.5 77.5=231萬元。
④再分配：
總機構應納所得稅額=231×50%=115.5萬元；
分支機構A應納所得稅額=231×50%×38%=43.89萬元；
分支機構B應納所得稅額=231×50%×62%=71.61萬元。
（三）稅款預繳
匯總納稅企業(yè)根據(jù)當期實際利潤額，按照上述分攤方法計算總機構和分支機構的企業(yè)所得稅預繳額，分別由總機構和分支機構就地預繳；在規(guī)定期限內(nèi)按實際利潤額預繳有困難的，也可以按照上一年度應納稅所得額的1/12或1/4，按照上述分攤方法計算總機構和分支機構的企業(yè)所得稅預繳額，分別由總機構和分支機構就地預繳。預繳方法一經(jīng)確定，當年度不得變更。
（四）匯總清算
匯總納稅企業(yè)應當自年度終了之日起5個月內(nèi)，由總機構匯總計算企業(yè)年度應納所得稅額，扣除總機構和各分支機構已預繳的稅款，計算出應繳應退稅款，按照上述分攤方法計算總機構和分支機構的企業(yè)所得稅應繳應退稅款，分別由總機構和分支機構就地辦理稅款繳庫或退庫。
匯總納稅企業(yè)如果存在境外所得需要補繳企業(yè)所得稅的，境外所得補繳的所得稅直接在總機構繳納，不參與分攤計算。
（五）資產(chǎn)損失申報扣除
匯總納稅企業(yè)發(fā)生的資產(chǎn)損失，應按以下規(guī)定申報扣除：
1.總機構及二級分支機構發(fā)生的資產(chǎn)損失，除應按專項申報和清單申報的有關規(guī)定各自向所在地主管稅務機關申報外，二級分支機構還應同時上報總機構；三級及以下分支機構發(fā)生的資產(chǎn)損失不需向所在地主管稅務機關申報，應并入二級分支機構，由二級分支機構統(tǒng)一申報。
2.總機構對各分支機構上報的資產(chǎn)損失，除稅務機關另有規(guī)定外，應以清單申報的形式向所在地主管稅務機關申報。
3.總機構將分支機構所屬資產(chǎn)捆綁打包轉讓所發(fā)生的資產(chǎn)損失，由總機構向所在地主管稅務機關專項申報。
（六）跨地區(qū)建筑項目部
建筑企業(yè)總機構直接管理的跨地區(qū)設立的項目部，應按項目實際經(jīng)營收入的0.2%按月或按季由總機構向項目所在地預分企業(yè)所得稅，并由項目部向所在地主管稅務機關預繳。
二、申報表填報要點
匯總納稅企業(yè)預繳申報時，總機構報送企業(yè)所得稅預繳申報表、企業(yè)當期財務報表、匯總納稅企業(yè)分支機構所得稅分配表和各分支機構上一年度的年度財務報表（或年度財務狀況和營業(yè)收支情況）；分支機構報送企業(yè)所得稅預繳申報表（填列第30行“分支機構分攤所得稅額”、第32行“分支機構--分配比例”、第33行“分支機構--分配所得稅額”），經(jīng)總機構所在地主管稅務機關受理的匯總納稅企業(yè)分支機構所得稅分配表。
匯算清繳時，總機構報送企業(yè)所得稅年度納稅申報表、年度財務報表、匯總納稅企業(yè)分支機構所得稅分配表、各分支機構的年度財務報表、各分支機構參與企業(yè)年度納稅調(diào)整情況的說明；分支機構報送企業(yè)所得稅預繳申報表（進行年度申報）、經(jīng)總機構所在地主管稅務機關受理的匯總納稅企業(yè)分支機構所得稅分配表、分支機構的年度財務報表（或年度財務狀況和營業(yè)收支情況）、分支機構參與企業(yè)年度納稅調(diào)整情況的說明。
在年度匯算清繳時，總機構主要關注A109000《跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)年度分攤企業(yè)所得稅明細表》、A109010《企業(yè)所得稅匯總納稅分支機構所得稅分配表》，關注以下行次：
1.A109010表“總機構分攤所得稅額”：對于跨省（自治區(qū)、直轄市、計劃單列市）經(jīng)營匯總納稅企業(yè)，填報企業(yè)本年應補（退）所得稅額×25%后的金額；對于同一省（自治區(qū)、直轄市、計劃單列市）內(nèi)跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)，填報企業(yè)本年應補（退）所得稅額×規(guī)定比例后的金額。
2.A109010表“總機構財政集中分配所得稅額”：對于跨省（自治區(qū)、直轄市、計劃單列市）經(jīng)營匯總納稅企業(yè)，填報企業(yè)本年應補（退）所得稅額×25%后的金額；對于同一省（自治區(qū)、直轄市、計劃單列市）內(nèi)跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)，填報企業(yè)本年應補（退）所得稅額×規(guī)定比例后的金額。
3.A109010表“分支機構分攤所得稅額”：對于跨省（自治區(qū)、直轄市、計劃單列市）經(jīng)營匯總納稅企業(yè)，填報企業(yè)本年應補（退）的所得稅額×50%后的金額；對于同一省（自治區(qū)、直轄市、計劃單列市）內(nèi)跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)，填報企業(yè)本年應補（退）所得稅額×規(guī)定比例后的金額。
三、示例
甲企業(yè)在異地省份設有分支機構B，總機構、分支機構B企業(yè)所得稅稅率均為25%，甲企業(yè)生產(chǎn)經(jīng)營職能的部門的營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額與管理職能部門分開核算，可視為一個獨立的二級分支機構（以下稱總機構主體生產(chǎn)經(jīng)營部門），甲公司2017年度經(jīng)納稅調(diào)整后應納稅所得額為3000萬元，經(jīng)計算，總機構主體生產(chǎn)經(jīng)營部門分配比例為45%，分支機構B分配比例為55%。已知，總機構2017年度已分攤預繳企業(yè)所得稅391.5萬元（含總機構主體生產(chǎn)經(jīng)營部門121.5萬元），分支機構B已分攤預繳企業(yè)所得稅148.5萬元。假設甲企業(yè)2017年度無境外所得，總分機構應納稅額計算及申報表填報如下：
（一）計算過程
1.甲企業(yè)匯總納稅應納所得稅額=3000×25%=750萬元；
2.甲企業(yè)應補繳企業(yè)所得稅額=750-270-121.5-148.5=210萬元。
3.總機構分攤所得稅額＝210×25%=52.5萬元；
總機構財政集中分配所得稅額＝210×25%=52.5萬元；
4.分支機構分攤所得稅額＝210×50%=105萬元，其中：
總機構主體生產(chǎn)經(jīng)營部門分攤所得稅額＝105×45%=47.25萬元；
分支機構B分攤所得稅額＝105×55%=57.75萬元。
5.總機構本年應補（退）所得稅額=總機構應分攤所得稅 總機構財政集中分攤所得稅 總機構主體生產(chǎn)經(jīng)營部門分攤所得稅=52.5 52.5 47.25=152.25萬元。
（二）申報表填報
A109000表
A109010表
