自2013年8月1日起，交通運輸業營改增試點在全國范圍內推開。其中的“道路貨物運輸業”涉及面廣、從業人數多、與民眾生活息息相關。據基層稅務機關檢查發現，道路貨物運輸業普遍存在個人車輛掛靠運輸企業的“掛靠經營”，在稅制改革過程中不僅企業存在一定的涉稅風險，也給稅務檢查帶來了一系列的難題。
風險一：收入難以準確計量，有虛開發票的空間
風險描述：掛靠經營中，大多數掛靠人只是將企業承攬的運輸業務取得的收入入賬，自行承攬的業務不入賬，加之交通運輸企業能取得進項稅發票，給隱瞞收入虛開發票留下了空間。
風險分析：一方面，實行營改增以后，增值稅專用發票管理嚴格，抵扣鏈逐漸完善，部分資質不全的運輸戶為了取得增值稅專用發票便于結算，存在從交通運輸業一般納稅人“找票”的現象。另一方面，現實中運輸費用大多不通過銀行結算，難以準確認定納稅人營業收入，加之交通運輸企業普遍存在通過強制掛靠戶定點加油、定點維修等行為取得進項稅發票等行為，這都給企業取得不正常利潤，收取非法利潤，虛開貨運專用發票留下了空間。
檢查建議：根據納稅人運輸車輛的數量，結合每輛運輸車一定期間內運營情況，里程表數據，計算總運輸里程，或者通過一定期間消耗成品油數量，結合運輸車輛數量及車輛百公里油耗情況，計算總運輸里程。按照車輛核定載重及行業平均噸公里運輸費用測算納稅人營業收入數據，與納稅人實際申報運費收入進行比對，據以測算納稅人申報收入的真實性。
風險二：成本難以準確核算，有虛抵發票的風險
風險描述：交通運輸企業中“找票”抵扣的現象相當普遍。疑點具體表現在：一是成品油抵扣比例畸高，在正常情況下，運輸企業燃油成本應占運輸成本的30%～35%，一般不超過40%。二是成品油進項稅發票來源地異常，一些企業長期在異地運輸，可加油開具的增值稅專用發票卻顯示在本地；或一些企業運輸路線在本地，可加油開具的增值稅專用發票卻顯示在外地。三是修理費發票比例低，配件發票比例高、配件類型單一，虛構維修車輛、更換配件，進行進項稅額抵扣。
風險分析：由于掛靠經營管理通常是松散的，掛靠人基本自行負擔車輛的油耗、修理等費用，被掛靠企業為了平衡稅負而取得虛開發票。在購進成品油方面，有自有油庫或指定加油站的，作為組織運輸的附加條件強制定點加油賺取被掛靠車輛差價，或是直接取得虛開的成品油發票；在購進、維修車輛進項稅方面，由于更換輪胎、維修等多在運輸過程中發生，且多數為現金支付，真實性難以確定。運輸企業為了取得進項稅發票往往采取自己找票或是通過掛靠車主找票給予一定優惠的行為取得虛開發票抵扣進項。以上現象都有較大的虛抵風險。
檢查建議：對成品油進項檢查中，可以結合庫存計算當期耗用再和成本比較，看是否抵扣比例過高；可以對企業購油業務的真實性進行檢查，結合企業運輸合同核實企業運輸線路，特別要對無自用油庫的企業沒有取得本地和運輸線路上的加油發票要重點檢查，對連續多日大額、整數發票和實際加油情況不符情況應重點核實，對大額的汽油發票、大額的高標號柴油發票應重點關注。必要時可以通過對上游成品油經銷企業進行檢查來印證成品油購進的真實性。對維修配件進項檢查中，關注是否有營改增以前取得維修服務和配件營改增以后抵扣的現象；結合車輛新舊程度、車輛運輸方式及路線，推算納稅人更換車輛配件及維修費用的真實性。
風險三：稅率多檔，發票開具有風險
風險描述：納稅人發票開具品目和規定稅率不一致，或是通過所謂的稅收籌劃混淆稅目，達到少繳稅款或是多開銷項稅的目的。比如將短距離運輸按裝卸倒運的稅率繳稅，比如簽訂虛假的出租汽車合同，將實質交通運輸業務混淆為動產租賃等。
風險分析：現實中一些交通運輸業納稅人既從事貨物運輸，又從事港口碼頭服務、場站服務、貨物運輸代理、倉儲和裝卸搬運等物流輔助業務，還有將自有的車輛機械設備租賃業務。營改增政策對提供運輸服務和物流輔助服務規定了不同的稅目稅率，存在11%、6%和17%的稅率，還有3%簡易征收率。營改增前，稅制簡單，交通運輸和裝卸搬運同為3%，服務業、代理業和租賃業同為5%，在慣性經營下，交通運輸企業往往出現發票開具錯誤。
檢查建議：可以實地查看車輛及設備的使用情況，核對企業的運輸合同，必要時向承租方核實，確定納稅人是否有故意錯開發票項目達到少繳稅款或是多開銷項的目的。核對企業自己開具和取得的交通運輸業專用發票是否合法有效，對照《國家稅務總局關于加強增值稅征收管理若干問題的通知》《國家稅務總局關于使用新版公路、內河貨物運輸業統一發票有關問題的通知》等看發票是否按照規定開具。
風險四：核算混亂，有少計收入等風險
風險描述：交通運輸企業具有掛靠經營，現金結算，只是組織運輸，實際并不能對掛靠戶財務進行有效的財務核算的特點，造成了企業往往核算混亂，存在少計其他業務收入和營業外收入的風險。
風險分析：由于交通運輸業的特殊性，有掛靠行為所以存在管理費收入，由于車輛有強制報廢規定所以有固定資產清理收入，由于經常性維修所以有廢電瓶、廢機油、廢輪胎處理收入，部分企業有大型機械設備所以有租賃收入等。
檢查建議：檢查中關注有無因承包經營、掛靠、代辦保險車檢的固定收入不按規定申報納稅的；有無應計入營業外收入的廢舊物品處理收入項目不申報納稅的；有無將收入直接抵頂債務、直接沖減車主工資、運輸成本、費用支出，少計應稅收入的；有無車載廣告和場地出租收入項目不申報納稅的；有無出租（轉讓）固定資產（房產、車輛等）、轉讓無形資產收入未按規定申報納稅的情況等。
