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根據《財政部 國家稅務總局關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59號，以下簡稱59號文件）規定，企業重組是指企業在日常經營活動以外發生的法律結構或經濟結構重大改變的交易，包括企業法律形式改變、債務重組、股權收購、資產收購、合并、分立等。
企業重組涉及支付對價，支付對價的形式包括股權支付和非股權支付。所稱股權支付，是指企業重組中購買、換取資產的一方支付的對價中，以本企業或其控股企業的股權、股份作為支付的形式；所稱非股權支付，是指以本企業的現金、銀行存款、應收款項、本企業或其控股企業股權和股份以外的有價證券、存貨、固定資產、其他資產以及承擔債務等作為支付的形式。所稱混合支付，是指在重組業務中既涉及股權支付又涉及非股權支付的兩者組合支付形式。
適用特殊性稅務處理的股權收購、資產收購、企業合并或者分立業務，股權支付金額不低于其交易支付總額的85%。重組交易各方對交易中股權支付暫不確認有關資產的轉讓所得或損失，其非股權支付應在交易當期確認相應的資產轉讓所得或損失，并調整相應資產的計稅基礎。這里，關于相應資產的計稅基礎問題，如果是100%股權支付，只需確認，無須調整，應無懸念。如果是混合支付，如何調整相應資產的計稅基礎，在實務中卻是所見不同。現舉例說明如下：
甲公司擁有A公司8%的股份，該股權的初始投資成本為200萬元，公允價值為800萬元；乙公司擁有B公司90%的股份，該股權的初始投資成本為300萬元，公允價值為900萬元。經協議，為取得B公司的控制權，甲公司以A公司8%的股權和100萬元現金為對價支付給乙公司。
一、會計處理：
稅收征管法第二十條規定，納稅人的財務、會計制度或者財務、會計處理辦法與國務院或者國務院財政、稅務主管部門有關稅收的規定抵觸的，依照有關稅收的規定計算應納稅款。但這里需要強調的是，稅收征管法的規定不妨礙納稅人遵從《企業會計準則》進行賬務處理。
1、甲公司會計處理：
借：長期股權投資——B公司 900
貸：長期股權投資——A公司 200
銀行存款 100
投資收益——轉讓A公司股權收益 600
2、乙公司會計處理：
借：長期股權投資——A公司 800
銀行存款 100
貸：長期股權投資——B公司 300
投資收益——轉讓B公司股權收益 600
二、稅務分析：
該案例中，收購方甲公司購買的股權為90%，不低于被收購企業B公司全部股權的75%；股權支付金額為800萬元，占支付總額900萬元的88.89%，不低于85%的比例限制。那么，按照特殊性稅務處理規定，被收購企業的股東取得收購企業股權的計稅基礎，以被收購股權的原有計稅基礎確定；收購企業取得被收購企業股權的計稅基礎，以被收購股權的原有計稅基礎確定。也就是說，無論是收購方甲公司還是被收購方乙公司，其“新股”的計稅基礎都是以被收購股權的原有計稅基礎確定，兩者的股權計稅基礎是一致的。
三、計稅基礎：
依據59號文件第六條（六）項規定，被收購股權計稅基礎的確定，應當在確認非股權支付部分股權轉讓所得的基礎上，對原有計稅基礎作相應調整。
非股權支付對應的資產轉讓所得或損失=（被轉讓資產的公允價值－被轉讓資產的計稅基礎）×（非股權支付金額÷被轉讓資產的公允價值）=（900－300）×（100÷900）=66.67
在確認了非股權支付部分的股權轉讓所得后，關于被收購股權計稅基礎的調整和確定，稅務界同仁出現了三種截然不同的意見。
第一種意見認為，被收購股權計稅基礎=被轉讓資產的計稅基礎+非股權支付對應的資產轉讓所得=300+66.67=366.67萬元。
第二種意見認為，被收購方獲取了100萬元的非股權支付對價，應當沖減，被收購股權計稅基礎為266.67萬元。
第三種意見認為，應當加上收購方非股權支付100萬元，被收購股權計稅基礎為466.67萬元。
哪一種意見是正確的呢？
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