一家新辦污水處理廠為政府招商引資項目，受政府委托專門從事生產和生活污水的處理，政府從財政上向企業撥付污水處理費。企業辦理了相關注冊和稅務登記，到地稅部門申請購領發票，地稅部門說污水處理不屬于營業稅應稅勞務，不征營業稅，不在地稅部門領取發票。納稅人來到國稅部門，國稅人員查找政策，認為企業向政府收取的污水處理費行為既不涉及銷售又不涉及加工，該業務雖然為增值稅勞務（免稅勞務），但也不可以在國稅部門領取增值稅發票或普通發票。而收取政府撥來的污水處理費又要開具發票，這該怎么辦？
《國家稅務總局關于污水處理費不征收營業稅的批復》（國稅函[2004]1366號）規定，按照《營業稅暫行條例》規定的營業稅征稅范圍，單位和個人提供的污水處理勞務不屬于營業稅應稅勞務，其處理污水取得的污水處理費，不征收營業稅。為此，地稅部門不能向其提供發票。
對于各級政府及主管部門委托自來水廠（公司）隨水費收到的污水處理費，一般由自來水廠（公司）作為代收代付款項，定期支付給當地財政部門作為預算外資金，主要用于公益性的污水處理費用，如更新當地水管網建設、處理城市生活污水等，《財政部、國家稅務總局關于污水處理費有關增值稅政策的通知》（財稅字[2001]97號）規定，對各級政府及主管部門委托自來水廠（公司）隨水費收取的污水處理費，免征增值稅。對于經由當地環保部門的審批后建立的污水處理單位，通過一定的設備或工藝流程，將污水通過凈化，達到排放或另行使用的標準，其向污水排放單位或個人等服務對象收取的污水處理費。根據《國家稅務總局關于從事污水、垃圾處理業務的外商投資企業認定為生產性企業問題的批復》（國稅函[2003]388號）“對從事污水、垃圾處理業務的外商投資企業可以認定為生產性外商投資企業”精神，可以認定污水處理單位為生產性企業，其集中處理生產和生活污水屬于提供委托加工性質的勞務，所收取的污水處理費應該依照有關規定征收增值稅。為此，污水處理廠應向國稅部門領取發票。盡管《財政部、國家稅務總局關于資源綜合利用及其他產品增值稅政策的通知》（財稅[2008]156號）規定，污水處理（污水加工處理后符合有關規定的水質標準的業務）勞務免征增值稅；再生水免征增值稅。再生水是指對污水處理廠出水、工業排水（礦井水）、生活污水、垃圾處理廠滲透（濾）液等水源進行回收，經適當處理后達到一定水質標準，并在一定范圍內重復利用的水資源。但這并不影響企業向國稅機關領取發票，免稅業務同樣可以使用發票。
綜上，污水處理費主要有二種類型，一種是各級政府及主管部門委托自來水廠（公司）隨水費收取的污水處理費。另一種是一些企業和個人集中處理生產或生活污水而向企業或個人收取的污水處理費，然后，政府從財政上撥付污水處理費給企業。為此，收取污水處理費應區分不同情況，分別使用相關發票。各級政府及主管部門委托自來水廠（公司）隨水費收取的污水處理費，由自來水廠（公司）隨水費收取一并開具發票；企業或個人集中處理生產或生活污水而直接向企業或個人收取的污水處理費，屬于提供委托加工性質的勞務，所收取的污水處理費應該依照有關規定征收增值稅，企業應向國稅部門申請領購增值稅發票或普通發票。對于受政府委托專門從事生產和生活污水的處理的企業，政府從財政上撥付污水處理費給企業，且政府撥付的污水處理費構成企業的主要收入來源。應由企業向國稅部門申請，印制企業頭銜發票，加蓋單位公章后，向政府相關部門開具收取污水處理費。
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