（三）知識產權的“配套”要求
《認定辦法》明確要求知識產權是企業(yè)在近三年內通過自主研發(fā)、受讓、受贈、并購等方式，或通過5年以上的獨占許可方式取得；考慮到部分知識產權取得證書的周期較長，08年以來，審查部門放寬對知識產權證書取得日期的要求，即申報當年取得證書的也予以認可。
2012年，科委等部門明確，嚴格按照《認定辦法》的規(guī)定，申報當年取得證書的知識產權將不被認可。
雖然北京市目前并未對獨占許可的認可與否做明確規(guī)定，但就未來趨勢發(fā)展而言，獨占許可方式存在被完全取消的可能性，所以企業(yè)申報高新復審時不能僅僅依靠獨占許可，應盡可能的獲得自主研發(fā)的知識產權。另外，部分地區(qū)對非軟件行業(yè)企業(yè)申報6個軟件著作權的做法產生了質疑，在后續(xù)檢查中，對這類企業(yè)軟件著作權在項目中的應用提出了一系列的疑問。
建議企業(yè)申報時，不僅要注意證書取得證書的日期，更要加強知識產權與其產品的關聯(lián)性管理。
（四）人員驗證、證明資料的多樣化準備
《認定辦法》中只規(guī)定了科技、研發(fā)人員的占比，并未對科研人員的證明資料提出明確要求。實務中，部分企業(yè)在申報高新時，只提供了員工花名冊，并沒有提供相關的輔助證明資料，這類企業(yè)在08、09年度陸續(xù)通過了高新認定。2010年起，各監(jiān)管部門也加大了對人員方面的審查力度，企業(yè)在認定或者復審時，不僅需要提供員工花名冊，還需要提供學歷證書、職稱證書等能夠證明員工身份的各類資料。甚至有的審查部門要求企業(yè)后續(xù)提供了與員工簽訂的勞動合同、員工社保繳納證明等資料。
近年來，稅務機關對高新技術企業(yè)的審核要求日益嚴格，為了合理合法地享受稅收優(yōu)惠，建議企業(yè)在人事管理方面應立足全局考慮，提前規(guī)劃調整，以最嚴格的標準準備高新認定或復審。同時，為確保后續(xù)高新技術企業(yè)等稅收優(yōu)惠資質的維持，除了申報需要提交的資料之外，企業(yè)應該準備好人事報表、職工工資單、社保繳納情況、個人所得稅申報系統(tǒng)等等原始基礎資料。
資質監(jiān)管：高新技術企業(yè)監(jiān)管力度的不斷強化
2012年末，科技部、財政部、國家稅務總局聯(lián)合下發(fā)《關于開展高新技術企業(yè)認定管理工作檢查的通知》，決定在全國范圍內開展對高新技術企業(yè)認定管理工作的檢查。
2013年年初，北京市科委、財政局、稅務局聯(lián)合下發(fā)《關于開展全市高新技術企業(yè)認定管理工作檢查的通知》文件，決定在全市范圍內開展對高新技術企業(yè)認定管理工作的檢查。
2014年，全國高新技術企業(yè)認定管理工作領導小組辦公室組織開展了多次對高新技術企業(yè)的重點檢查工作。此次重點檢查是對有關地區(qū)高新技術企業(yè)認定管理工作的一次全面檢查。在人員組成層面，檢查組由科技、財政、稅務系統(tǒng)專家聯(lián)合組成；在檢查對象層面，既有對企業(yè)的檢查，也有對認定機構、評審專家及中介機構的檢查；在工作方法層面，采用案頭檢查、約談、實地抽查相結合的檢查方式。
政策動態(tài)：高新技術企業(yè)認定管理辦法或將修改完善
自2008年4月《高新技術企業(yè)認定管理辦法》（簡稱《認定辦法》）出臺至今已有六年之久，《認定辦法》在具體實施中也有些許問題需要進一步完善。
2012年7月6日，全國科技創(chuàng)新大會通過了《關于深化科技體制改革、加快國家創(chuàng)新體系建設的意見》（以下簡稱《意見》），7月30日，國家科技體制改革和創(chuàng)新體系建設領導小組召開第一次會議，審議《落實〈意見〉任務分工》（以下簡稱“任務分工”），“任務分工”中將“完善高新技術企業(yè)認定辦法”作為一項重要工作加以確定。
2014年4月初，國家稅務總局高新技術企業(yè)認定管理辦法修訂和企業(yè)所得稅優(yōu)惠項目收入口徑問題的研討會在合肥召開。會議針對高新技術企業(yè)認定中存在的問題，研究討論了《高新技術企業(yè)認定管理辦法（修訂意見稿）》和《高新技術企業(yè)認定管理工作指引（修訂意見稿）》，完善了高新技術企業(yè)認定流程的整體框架。據(jù)了解，《認定辦法（修訂意見稿）》將重點對研發(fā)費用、知識產權管理方面進行重點改進完善。
明稅建議：
《認定辦法》雖然明確了認定的標準及流程。但是在具體實施中，各地區(qū)的評審尺度把握不一，部分地區(qū)對各申請要件的標準把握也提出了較《認定辦法》較為嚴格的要求。《認定辦法》經過六年的實施操作，也需要進一步的完善修改。建議各高新技術企業(yè)按照從嚴的原則去把握各要件的準備，認真做好新技術企業(yè)認定和后續(xù)資質管理工作，按照要求進行備案工作，提前做好研發(fā)項目鑒定及加計扣除申請準備，做好知識產權的申請安排，梳理研發(fā)費用確定輔助賬和項目的一致性，做好科研人員驗證、證明資料的多樣化準備，以期順利享受稅收優(yōu)惠政策。
