一、出口貨物退（免）稅認定時限不同
生產(chǎn)企業(yè)應(yīng)當(dāng)自辦理對外貿(mào)易經(jīng)營者備案登記或代理出口協(xié)議簽訂之日起30日內(nèi)到所在地稅務(wù)機關(guān)辦理出口貨物退（免）稅認定手續(xù)。
應(yīng)稅服務(wù)提供者在申報辦理免抵退稅前，應(yīng)向主管稅務(wù)機關(guān)辦理出口退（免）稅認定。
二、出口貨物退（免）稅認定提供的資料不同
（一）生產(chǎn)企業(yè)出口貨物退（免）稅認定應(yīng)當(dāng)提供下列資料：
1、需出示《稅務(wù)登記證》（副本）
2、需提供的資料：已辦理備案登記并加蓋備案登記專用章的《對外貿(mào)易經(jīng)營者備案登記表》原件及復(fù)印件，沒有出口經(jīng)營資格的生產(chǎn)企業(yè)委托出口貨物的提供代理出口協(xié)議原件及復(fù)印件；海關(guān)自理報關(guān)單位注冊登記證明書原件及復(fù)印件（無進出口經(jīng)營資格的生產(chǎn)企業(yè)委托出口貨物的不需提供）；外商投資企業(yè)提供《中華人民共和國外商投資企業(yè)批準證書》原件和復(fù)印件；特準退（免）稅的單位和人員還須提供現(xiàn)行有關(guān)出口貨物退（免）稅規(guī)定要求的其他相關(guān)憑證。
（二）應(yīng)稅服務(wù)提供者辦理出口退（免）稅認定時，應(yīng)提供以下資料：
（1）銀行開戶許可證；
（2）從事水路國際運輸?shù)膽?yīng)提供《國際船舶運輸經(jīng)營許可證》；從事航空國際運輸?shù)膽?yīng)提供《公共航空運輸企業(yè)經(jīng)營許可證》，且其經(jīng)營范圍應(yīng)包括“國際航空客貨郵運輸業(yè)務(wù)”；從事陸路國際運輸?shù)膽?yīng)提供《道路運輸經(jīng)營許可證》和《國際汽車運輸行車許可證》，且《道路運輸經(jīng)營許可證》的經(jīng)營范圍應(yīng)包括“國際運輸”；從事對外提供研發(fā)設(shè)計服務(wù)的應(yīng)提供《技術(shù)出口合同登記證》。
三、適用免抵退稅的企業(yè)范圍不同
出口貨物適用免抵退稅的企業(yè)范圍僅限于具有增值稅一般納稅人資格而且具有實際生產(chǎn)能力的生產(chǎn)企業(yè)和生產(chǎn)性企業(yè)集團公司。
應(yīng)稅服務(wù)提供者不僅要具有增值稅一般納稅人資格，而且還必須提供適用零稅率的應(yīng)稅服務(wù)，即提供國際運輸服務(wù)、向境外單位提供的研發(fā)服務(wù)和設(shè)計服務(wù)。
需要說明的是，在營業(yè)稅改征增值稅的試點地區(qū)的具有增值稅一般納稅人資格的生產(chǎn)企業(yè)和生產(chǎn)性企業(yè)集團公司，其出口貨物仍然依照生產(chǎn)企業(yè)出口貨物免抵退稅進行管理。
四、適用免抵退稅的出口范圍不同
生產(chǎn)企業(yè)貨物出口到規(guī)定的海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)（不含一般保稅區(qū)），適用免抵退稅辦法。
應(yīng)稅服務(wù)提供者從境內(nèi)載運旅客或貨物至國內(nèi)海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域及場所、從國內(nèi)海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域及場所載運旅客或貨物至國內(nèi)其他地區(qū)以及在國內(nèi)海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域內(nèi)載運旅客或貨物，不屬于國際運輸服務(wù)。
應(yīng)稅服務(wù)提供者向國內(nèi)海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域內(nèi)單位提供研發(fā)服務(wù)、設(shè)計服務(wù)不實行免抵退稅辦法，應(yīng)按規(guī)定征收增值稅。
五、免抵退稅額的計算依據(jù)不同
生產(chǎn)企業(yè)出口貨物是按照出口貨物報關(guān)出口的離岸價格計算免抵退稅額，出口貨物的運保傭等FOB價外收取的其他費用，不得作為計算依據(jù)計算免抵退稅額。
應(yīng)稅服務(wù)是按照提供零稅率應(yīng)稅服務(wù)取得的全部價款扣除支付給非試點納稅人價款后的余額計算免抵退稅額，提供應(yīng)稅服務(wù)取得的價款和其他價外費用全部作為計算依據(jù)計算免抵退稅額，當(dāng)然支付給非試點地區(qū)納稅人的價款，應(yīng)當(dāng)從全部價款中扣除后的余額作為計算免抵退稅額的依據(jù)。
六、計算免抵退稅額適用的出口退稅率不同
生產(chǎn)企業(yè)出口貨物計算免抵退稅額的退稅率是出口貨物商品編碼對應(yīng)的出口退稅率，是按國家稅務(wù)總局下發(fā)的出口退稅率文庫來執(zhí)行的。
應(yīng)稅服務(wù)計算免抵退稅額的退稅率是其在境內(nèi)提供對應(yīng)服務(wù)的增值稅稅率，即國際運輸適用11%的退稅率，研發(fā)服務(wù)和設(shè)計服務(wù)適用6%的退稅率。
七、免抵退稅不得免征和抵扣稅額計算不同
生產(chǎn)企業(yè)出口貨物往往由于征退稅率存在差異，因而生產(chǎn)企業(yè)出口貨物征退稅率之差部分要計算免抵退稅不得免征和抵扣稅額。
應(yīng)稅服務(wù)由于征退稅率完全相同，因而不存在征退稅率之差，從而也不需要計算免抵退稅不得免征和抵扣稅額。
八、免抵退稅額的計算時間不同
生產(chǎn)企業(yè)出口貨物必須要在規(guī)定的免抵退稅申報單證信息齊全的條件下，才能計算申報辦理免抵退稅額。
應(yīng)稅服務(wù)的免抵退稅，由于不需要出口貨物報關(guān)單和收匯核銷單及其相關(guān)信息，因而只要申報憑證收齊就能計算申報辦理免抵退稅額。
九、免抵退稅額抵減額和免抵退稅不得免征和抵扣稅額抵減額計算不同
生產(chǎn)企業(yè)出口貨物采取進料加工貿(mào)易方式使用保稅進口料件的，應(yīng)當(dāng)分別計算免抵退稅額抵減額和免抵退稅不得免征和抵扣稅額抵減額，在抵減的基礎(chǔ)上分別計算免抵退稅額和免抵退稅不得免征和抵扣稅額抵減額。
應(yīng)稅服務(wù)提供者由于不能采取進料加工貿(mào)易方式，因而不能計算免抵退稅額抵減額。
十、免抵退稅申報期限不同
生產(chǎn)企業(yè)應(yīng)當(dāng)在貨物報關(guān)出口之日（以出口貨物報關(guān)單〈出口退稅專用〉上注明的出口日期為準，下同）起90日內(nèi)，向退稅部門申報辦理出口貨物退（免）稅手續(xù)。生產(chǎn)企業(yè)出口貨物未在報關(guān)出口90日內(nèi)提供出口報關(guān)單申報辦理退（免）稅手續(xù)的，如果其到期之日超過了當(dāng)月的免抵退稅申報期，稅務(wù)機關(guān)可暫不按視同內(nèi)銷貨物予以征稅。生產(chǎn)企業(yè)有特殊困難不能按期辦理出口退（免）稅申報的，可在規(guī)定的申報期限內(nèi)，可提出書面合理理由，經(jīng)地市以上（含地市）稅務(wù)機關(guān)核準后，在核準的期限內(nèi)申報辦理退（免）稅。
應(yīng)稅服務(wù)提供者應(yīng)于收入之日次月起至次年4月30日前的各增值稅納稅申報期內(nèi)收齊有關(guān)憑證，向主管稅務(wù)機關(guān)如實申報免抵退稅。
十一、每月免抵退稅申報期限不同
生產(chǎn)企業(yè)在貨物出口并按會計制度的規(guī)定在財務(wù)上做銷售后，先向主管征稅機關(guān)的征稅部門或崗位辦理增值稅納稅和免抵退稅申報，并向主管征稅機關(guān)的退稅部門或崗位辦理退稅申報。退稅申報期為每月1—15日（逢節(jié)假日順延）
應(yīng)稅服務(wù)提供者在提供零稅率應(yīng)稅服務(wù)，并在財務(wù)作銷售收入次月（按季度進行增值稅納稅申報的為次季度，下同）的增值稅納稅申報期內(nèi)，向主管稅務(wù)機關(guān)辦理增值稅納稅和免抵退稅相關(guān)申報。
十二、免抵退稅申報資料不同
（一）生產(chǎn)企業(yè)向征稅機關(guān)的退稅部門或崗位辦理“免、抵、退”稅申報時，應(yīng)提供下列憑證資料：
1、《生產(chǎn)企業(yè)出口貨物免、抵、退稅申報匯總表》；
2、《生產(chǎn)企業(yè)出口貨物免、抵、退稅申報明細表》；
3、經(jīng)征稅部門審核簽章的當(dāng)期《增值稅納稅申報表》；
4、有進料加工業(yè)務(wù)的還應(yīng)填報：
（1）《生產(chǎn)企業(yè)進料加工登記申報表》；
（2）生產(chǎn)企業(yè)進料加工進口料件申報明細表》；
（3）《生產(chǎn)企業(yè)進料加工海關(guān)登記手冊核銷申請表》；
（4）《生產(chǎn)企業(yè)進料加工貿(mào)易免稅證明》；
5、裝訂成冊的報表及原始憑證：
⑴《生產(chǎn)企業(yè)出口貨物免、抵、退稅申報明細表》；
⑵與進料加工業(yè)務(wù)有關(guān)的報表；
⑶加蓋海關(guān)驗訖章的出口貨物報關(guān)單（出口退稅專用）；
⑷經(jīng)外匯管理部門簽章的出口收匯核銷單（出口退稅專用）或有關(guān)部門出具的遠期收匯證明；
⑸代理出口貨物證明；
⑹企業(yè)簽章的出口發(fā)票；
⑺主管退稅部門要求提供的其他資料。
（二）提供國際運輸?shù)牧愣惵蕬?yīng)稅服務(wù)提供者辦理增值稅免抵退稅申報時，應(yīng)提供下列憑證資料：
⒈《免抵退稅申報匯總表》及其附表；
⒉《零稅率應(yīng)稅服務(wù)（國際運輸）免抵退稅申報明細表》；
⒊當(dāng)期《增值稅納稅申報表》；
⒋免抵退稅正式申報電子數(shù)據(jù)；
⒌下列原始憑證：
⑴零稅率應(yīng)稅服務(wù)的載貨、載客艙單（或其他能夠反映收入原始構(gòu)成的單據(jù)憑證）；
⑵提供零稅率應(yīng)稅服務(wù)的發(fā)票；
⑶主管稅務(wù)機關(guān)要求提供的其他憑證；
上述第⑴、⑵項原始憑證，經(jīng)主管稅務(wù)機關(guān)批準，可留存零稅率應(yīng)稅服務(wù)提供者備查。
（三）對外提供研發(fā)、設(shè)計服務(wù)的零稅率應(yīng)稅服務(wù)提供者辦理增值稅免抵退稅申報時，應(yīng)提供下列憑證資料：
⒈《免抵退稅申報匯總表》及其附表；
⒉《應(yīng)稅服務(wù)（研發(fā)、設(shè)計服務(wù)）免抵退稅申報明細表》；
⒊當(dāng)期《增值稅納稅申報表》；
⒋免抵退稅正式申報電子數(shù)據(jù)；
⒌下列原始憑證：
⑴與零稅率應(yīng)稅服務(wù)收入相對應(yīng)的《技術(shù)出口合同登記證》復(fù)印件；
⑵與境外單位簽訂的研發(fā)、設(shè)計合同；
⑶提供零稅率應(yīng)稅服務(wù)的發(fā)票；
⑷《向境外單位提供研發(fā)、設(shè)計服務(wù)收訖營業(yè)款明細清單》；
⑸從與簽訂研發(fā)、設(shè)計合同的境外單位取得收入的收款憑證；
⑹主管稅務(wù)機關(guān)要求提供的其他憑證。
十三、免抵退稅申報流程不同
生產(chǎn)企業(yè)出口貨物應(yīng)當(dāng)先辦理免抵退稅預(yù)申報，主要查詢計算免抵退稅額的相關(guān)信息，辦理免抵退稅預(yù)申報后再辦理增值稅納稅申報，在此基礎(chǔ)上最后辦理免抵退稅的正式申報。
由于應(yīng)稅服務(wù)計算免抵退稅額，不需要出口報關(guān)單和出口收匯核銷單等相關(guān)電子信息，因而也就不需要辦理免抵退稅預(yù)申報，應(yīng)稅服務(wù)提供者可以同時向主管稅務(wù)機關(guān)辦理增值稅納稅和免抵退稅相關(guān)申報。
十四、主管稅務(wù)機關(guān)審核辦理免抵退稅不同
（一）生產(chǎn)企業(yè)出口免抵退稅審核
生產(chǎn)企業(yè)出口貨物免抵退稅，主管稅務(wù)機關(guān)應(yīng)當(dāng)依照《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)<出口貨物退（免）稅管理辦法（試行）>的通知》（國稅發(fā)[2005]51號）規(guī)定進行審核，即在人工單證審核的基礎(chǔ)上還需進行計算機審核。
人工單證審核是指稅務(wù)機關(guān)受理出口商出口貨物退（免）稅申報后，應(yīng)在規(guī)定的時間內(nèi)，對申報憑證、資料的合法性、準確性進行審查，并核實申報數(shù)據(jù)之間的邏輯對應(yīng)關(guān)系。計算機審核是指在對申報的出口貨物退（免）稅憑證、資料進行人工審核后，稅務(wù)機關(guān)應(yīng)當(dāng)使用出口貨物退（免）稅電子化管理系統(tǒng)進行計算機審核，將出口商申報出口貨物退（免）稅提供的電子數(shù)據(jù)、憑證、資料與國家稅務(wù)總局及有關(guān)部門傳遞的出口貨物報關(guān)單、出口收匯核銷單、代理出口證明、增值稅專用發(fā)票、消費稅稅收（出口貨物專用）繳款書等電子信息進行核對。
生產(chǎn)企業(yè)出口貨物免抵退稅，經(jīng)稅務(wù)機關(guān)審核審批通過，應(yīng)當(dāng)依照規(guī)定辦理免抵退稅。
（二）應(yīng)稅服務(wù)免抵退稅審核
主管稅務(wù)機關(guān)在接受零稅率應(yīng)稅服務(wù)提供者免抵退稅申報后，應(yīng)在下列內(nèi)容人工審核無誤后，使用出口退稅審核系統(tǒng)進行審核。在審核中如有疑問的，可抽取企業(yè)進項增值稅發(fā)票進行發(fā)函調(diào)查或核查。
1、對于提供國際運輸?shù)牧愣惵蕬?yīng)稅服務(wù)提供者，主管稅務(wù)機關(guān)可從零稅率應(yīng)稅服務(wù)提供者申報中抽取若干申報記錄審核以下內(nèi)容：
（1）所申報的國際運輸服務(wù)是否符合國家稅務(wù)總局公告2012年第13號第一條規(guī)定；
（2）所抽取申報記錄申報應(yīng)稅服務(wù)收入是否小于等于該申報記錄所對應(yīng)的載貨或載客艙單上記載的國際運輸服務(wù)收入。
2、對于提供研發(fā)、設(shè)計服務(wù)的零稅率應(yīng)稅服務(wù)提供者審核以下內(nèi)容：
（1）企業(yè)所申報的研發(fā)、設(shè)計服務(wù)是否符合國家稅務(wù)總局公告2012年第13號第一條規(guī)定；
（2）研發(fā)、設(shè)計合同簽訂的對方是否為境外單位；
（3）應(yīng)稅服務(wù)收入的支付方是否為與之簽訂研發(fā)、設(shè)計合同的境外單位；
（4）申報應(yīng)稅服務(wù)收入是否小于等于從與之簽訂研發(fā)、設(shè)計合同的境外單位的取得的收款金額。
3、對應(yīng)稅服務(wù)提供者按國家稅務(wù)總局公告2012年第13號第七條規(guī)定提供的憑證資料齊全的，主管稅務(wù)機關(guān)在經(jīng)過出口退稅審核系統(tǒng)審核通過后，辦理退稅，退稅資金由中央金庫統(tǒng)一支付。
十五、新發(fā)生業(yè)務(wù)免抵退稅的管理不同
（一）生產(chǎn)企業(yè)
新發(fā)生出口業(yè)務(wù)的生產(chǎn)企業(yè)是指自發(fā)生首筆出口業(yè)務(wù)之日起未滿12個月的生產(chǎn)企業(yè)。
根據(jù)國稅發(fā)[2003]139號規(guī)定，注冊開業(yè)時間在一年以上的新發(fā)生出口業(yè)務(wù)的企業(yè)（小型出口企業(yè)除外），經(jīng)地市稅務(wù)機關(guān)核實確有生產(chǎn)能力并無偷稅行為及走私、逃套匯等違法行為的，可實行統(tǒng)一的按月計算辦理免、抵、退稅的辦法。
根據(jù)國稅發(fā)[2003]139號文規(guī)定，新成立的內(nèi)外銷，銷售額之和超過500萬元（含）人民幣，且外銷銷售額占其全部銷售額的比例超過50%（含）的生產(chǎn)企業(yè)，如在自成立之日起12個月內(nèi)不辦理退稅確有困難的，在從嚴掌握的基礎(chǔ)上，經(jīng)省、自治區(qū)、直轄市國家稅務(wù)局批準，可實行統(tǒng)一的按月計算辦理免、抵、退稅的辦法。
根據(jù)財稅[2002]7號文規(guī)定，除上述兩種情形以外的其他新發(fā)生出口業(yè)務(wù)的企業(yè)發(fā)生的應(yīng)退稅額，退稅審核期為12個月。根據(jù)國稅發(fā)[2006]102號文規(guī)定，自2006年7月1日（以出口貨物報關(guān)單上的出口日期為準）起，退稅審核期為12個月的新發(fā)生出口業(yè)務(wù)的生產(chǎn)企業(yè)，在審核期間出口的貨物，應(yīng)按統(tǒng)一的按月計算免、抵、退稅的辦法分別計算免抵稅額和應(yīng)退稅額。稅務(wù)機關(guān)對審核無誤的免抵稅額可按現(xiàn)行規(guī)定辦理調(diào)庫手續(xù)，對審核無誤的應(yīng)退稅額暫不辦理退庫；可在退稅審核期滿后的當(dāng)月對上述各月審核無誤的應(yīng)退稅額一次性退給企業(yè)。
（二）應(yīng)稅服務(wù)
新發(fā)生應(yīng)稅服務(wù)的零稅率應(yīng)稅服務(wù)提供者（以下簡稱新零稅率應(yīng)稅服務(wù)提供者），自發(fā)生首筆零稅率應(yīng)稅服務(wù)之日（國際運輸企業(yè)以提單載明的日期為準，對外提供研發(fā)、設(shè)計服務(wù)企業(yè)以收款憑證載明日期的月份為準）起6個月內(nèi)提供的零稅率應(yīng)稅服務(wù)，按月分別計算免抵稅額和應(yīng)退稅額。稅務(wù)機關(guān)對6個月內(nèi)各月審核無誤的應(yīng)退稅額在當(dāng)月暫不辦理退庫，在第7個月將各月累計審核無誤的應(yīng)退稅額一次性辦理退庫。自第7個月起，新零稅率應(yīng)稅服務(wù)提供者提供的零稅率應(yīng)稅服務(wù)，實行按月申報辦理免抵退稅。
新零稅率應(yīng)稅服務(wù)提供者是指，在營業(yè)稅改征增值稅試點以前，未發(fā)生過國家稅務(wù)總局公告2012年第13號第一條所列的零稅率應(yīng)稅服務(wù)的零稅率應(yīng)稅服務(wù)提供者。零稅率應(yīng)稅服務(wù)提供者在辦理出口退（免）稅認定時，應(yīng)向主管稅務(wù)機關(guān)提供證明在營業(yè)稅改征增值稅試點以前發(fā)生過零稅率應(yīng)稅服務(wù)的資料，不能提供的，主管稅務(wù)機關(guān)認定為新零稅率應(yīng)稅服務(wù)提供者。
