主管稅務機關則認為：A公司的說法“偷梁換柱”，存在兩大問題。
第一，A公司混淆了收入與所得的概念。不論是A公司還是C公司，都是就所得額繳納企業所得稅，而不是根據收入額來繳納企業所得稅。巧合的是，A公司和C公司都是企業所得稅核定征收企業，無法準確計算應納稅所得額，都是根據應稅收入乘以應稅所得率來計算應納稅所得額，再進一步計算應納稅額。因此，A公司簡單地用A公司和C公司的應稅收入之和與B公司支付的工程款進行比較是不合適的。舉個簡單的例子，假設D公司捐贈了100萬元給E公司，E公司又將這100萬元捐贈給了F公司，那么，根據《企業所得稅法》，E公司必須將接受的這100萬元捐贈收入計入應稅收入，同時F公司也必須將接受的這100萬元捐贈收入計入應稅收入，但事實上D公司只捐贈了100萬元。無獨有偶，道理相似，所以，A公司的推論是站不住腳的。
第二，A公司混淆了所得稅和流轉稅的概念。所得稅是以所得額為課稅對象課征的，而流轉稅是以流轉額為課征對象課征的。可見，僅從課征對象來看，企業所得稅和營業稅就是完全不同的稅種，因此，A公司簡單地將企業所得稅和營業稅的計稅依據進行比較是不合適的。目前，我國規定建筑業的應稅勞務應繳納營業稅，但考慮到營業稅不能抵扣，結合實際情況，為了減輕建筑業納稅人的負擔，特地允許建筑業企業在發生總分包業務時可以自營收入作為計稅依據計算營業稅。但《企業所得稅法》并未規定建筑業可以差額計算計稅收入。所以，A公司作為企業所得稅核定征收企業，應當將其向B公司全額開具的發票金額或取得的全部工程款金額（不論是自營部分還是分包部分）確認為收入，并作為企業所得稅的計稅依據申報繳納企業所得稅。因此，A公司需要就自行扣除的分包工程款補繳企業所得稅4萬元。
三、法理分析
（一）分包工程款是否為總承包方的會計收入
《中華人民共和國建筑法》第二十九條規定：建筑工程總承包單位可以將承包工程中的部分工程發包給具有相應資質條件的分包單位，但是，除總承包合同中約定的分包外，必須經建設單位認可。施工總承包的，建筑工程主體結構的施工必須由總承包單位自行完成。建筑工程總承包單位按照總承包合同的約定對建設單位負責；分包單位按照分包合同的約定對總承包單位負責。總承包單位和分包單位就分包工程對建設單位承擔連帶責任。第五十五條規定：建筑工程實行總承包的，工程質量由工程總承包單位負責，總承包單位將建筑工程分包給其他單位的，應當對分包工程的質量與分包單位承擔連帶責任。分包單位應當接受總承包單位的質量管理。
根據上述規定可以了解到，總承包方和分包方之間是利益共同體，是需要就分包工程對建設單位承擔連帶責任的經濟主體，所以，A公司所說的“對于總承包方而言，分包工程款不產生任何利潤，因而不需要確認收入”的說法是缺乏根據的。我們認為，本案中A公司以分包工程款與其無關為由而不確認分包工程款為A公司收入的想法是錯誤的。
那么，分包工程款到底是否應當確認為總承包方的會計收入？《企業會計準則第15號——建造合同》（財會[2006]3號）第八條規定：合同收入應當包括下列內容：1.合同規定的初始收入；2.因合同變更、索賠、獎勵等形成的收入。第十二條規定：合同成本應當包括從合同簽訂開始至合同完成止所發生的、與執行合同有關的直接費用和間接費用。第十三條規定：合同的直接費用應當包括下列內容：1.耗用的材料費用；2.耗用的人工費用；3.耗用的機械使用費；4.其他直接費用，指其他可以直接計入合同成本的費用。第十四條規定；間接費用是企業下屬的施工單位或生產單位為組織和管理施工生產活動所發生的費用。
我們認為，本案中A公司既與B公司簽訂了總承包合同，又與C公司簽訂了分包合同，是A公司作為一個經濟主體與另外兩個經濟主體之間形成的兩項經濟行為。根據上述企業會計準則，從會計角度分析，A公司應當就簽訂總承包合同并實際向B公司收取的全部款項確認為合同收入，同時，應當就簽訂分包合同并實際向C公司支付的全部款項確認為合同成本。對于A公司來說，合同收入與合同成本之間不能昆淆。事實上，不論A公司是企業所得稅核定征收企業還是查賬征收企業，這一做法是普遍適用的，應該不存在爭議。因此，A公司應當將收到的全部工程款（包括分包工程款）確認為會計收入。
（二）分包工程款是否為總承包方的應稅收入
《企業所得稅法》第六條規定：企業以貨幣形式和非貨幣形式從各種來源取得的收入，為收入總額。包括：
1.銷售貨物收入；
2.提供勞務收入；
3.轉讓財產收入；
4.股息、紅利等權益性投資收益；
5.利息收入；
6.租金收入；
7.特許權使用費收入；
8.接受捐贈收入；
9.其他收入。
《企業所得稅法實施條例》第十二條規定：《企業所得稅法》第六條所稱企業取得收入的貨幣形式，包括現金、存款、應收賬款、應收票據、準備持有至到期的債券投資以及債務的豁免等。《企業所得稅法》第六條所稱企業取得收入的非貨幣形式，包括固定資產、生物資產、無形資產、股權投資、存貨、不準備持有至到期的債券投資、勞務以及有關權益等。
《企業所得稅法實施條例》第十五條規定：《企業所得稅法》第六條第（二）項所稱提供勞務收入，是指企業從事建筑安裝、修理修配、變通運輸、倉儲租賃、金融保險、郵電通信、咨詢經紀、文化體育、科學研究、技術服務、教育培訓、餐飲住宿、中介代理、衛生保健、社區服務、旅游、娛樂、加工以及其他勞務服務活動取得的收入。
我們認為，通過解讀上述《企業所得稅法》及其實施條例的規定，只要形式和內容上都符合企業所得稅應稅收入的規定，即可將B公司向A公司支付的全部款項定義為應稅收入，否則就不能認定為應稅收入。首先，根據《企業所得稅法》第六條和《企業所得稅法實施條例》第十二條的規定，B公司向A公司支付的全部款項是A公司以貨幣形式取得的收入，形式上符合要求。其次，根據《企業所得稅法》第六條和《企業所得稅法實施條例》第十五條的規定，B公司向A公司支付的全部款項是A公司通過從事建筑安裝勞務活動取得的收入，內容上符合要求。因此，B公司向A公司支付的全部款項從形式和內容上都符合應稅收入的定義。至于A公司取得該工程收入的過程中，無論是通過自己的工程隊還是分包單位具體實施施工任務，都不應該影響應稅收入的認定。因此，本案中B公司向A公司支付的全部款項完全符合收入總額的定義，沒有理由把分包工程款剔除，總承包方應當就全部工程款（包括分包工程款）作為應稅收入。
（三）營業稅差額申報的企業所得稅是否也可以差額申報
A公司認為，總承包方在申報繳納營業稅時，按照相關規定以總承包工程款扣除分包工程款后的余額作為計稅依據進行差額申報，避免了重復征稅，因此，企業所得稅也應當參照執行。這兩者具有可比性嗎？相關規定如下：
1.營業稅的相關規定。《營業稅暫行條例》第五條規定：納稅人的營業額為納稅人提供應稅勞務、轉讓無形資產或者銷售不動產收取的全部價款和價外費用。但是，下列情形除外：
（1）納稅人將承攬的運輸業務分給其他單位或者個人的，以其取得的全部價款和價外費用扣除其支付給其他單位或者個人的運輸費用后的余額為營業額；
（2）納稅人從事旅游業務的，以其取得的全部價款和價外費用扣除替旅游者支付給其他單位或者個人的住宿費、餐費、交通費、旅游景點門票和支付給其他接團旅游企業的旅游費后的余額為營業額；
（3）納稅人將建筑工程分包給其他單位的，以其取得的全部價款和價外費用扣除其支付給其他單位的分包款后的余額為營業額；
（4）外匯、有價證券、期貨等金融商品買賣業務，以賣出價減去買入價后的余額為營業額；
（5）國務院財政、稅務主管部門規定的其他情形。
可見，為了減輕納稅人的負擔，《營業稅暫行條例》對運輸、旅游、建筑總分包等情形做出了明文規定，以避免重復征稅。
2.企業所得稅的相關規定。《企業所得稅核定征收辦法（試行）》（國稅發[2008]30號）第六條規定：采用應稅所得率方式核定征收企業所得稅的，應納所得稅額計算公式如下：應納所得稅額＝應納稅所得額×適用稅率，應納稅所得額＝應稅收入額×應稅所得率，或：應納稅所得額＝成本（費用）支出額/（1-應稅所得率）×應稅所得率。
《國家稅務總局關于企業所得稅核定征收若干問題的通知》（國稅函[2009]377號）進一步明確：國稅發[2008]30號文件第六條中的“應稅收入額”等于收入總額減去不征稅收入和免稅收入后的余額。用公式表示為：應稅收入額＝收入總額-不征稅收入-免稅收入，其中，收入總額為企業以貨幣形式和非貨幣形式從各種來源取得的收入。
《企業所得稅法》第七條規定，收入總額中的下列收入為不征稅收入：
（1）財政撥款；
（2）依法收取并納入財政管理的行政事業性收費、政府性基金；
（3）國務院規定的其他不征稅收入。
第二十六條規定，企業的下列收入為免稅收入：
（1）國債利息收入；
（2）符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益；
（3）在中國境內設立機構、場所的非居民企業從居民企業取得與該機構、場所有實際聯系的股息、紅利等權益性投資收益；
（4）符合條件的非營利組織的收入。
可見，“不征稅收入”和“免稅收入”并沒有對分包工程款進行列舉，因此無法予以扣除。
3.營業稅和企業所得稅相關政策的比較。通過比較可以發現，營業稅作為流轉稅，企業所得稅作為所得稅，在稅收立法過程中，兩者本身就存在很大的差別，簡單地以營業稅可以差額申報，因而得出企業所得稅也應當可以差額申報是缺乏說服力的，也是站不住腳的。
因此，我們認為，本案中結合《企業所得稅核定征收辦法（試行）》的文件精神，分包工程款在計算企業所得稅的應稅收入額時是無法扣除的，應當以總承包工程款作為計稅依據全額征收企業所得稅。
四、幾點思考
（一）加強稅法宣傳
建議稅務機關在大力開展稅源專業化管理改革的過程中，通過各種渠道和途徑加強對納稅人的稅法宣傳和輔導，進一步優化納稅服務方式，提高納稅人的稅收遵從度，幫助納稅人自覺、正確地申報納稅。
（二）強化服務職能
建筑行業具有特殊性，除了總分包問題外，還包括跨地區經營匯總納稅等問題。建議稅務機關進一步重視和加強對建筑等特殊行業稅收問題的調查研究，強化服務職能，將為納稅人排憂解難落到實處。
（三）幫助規范建賬
建議各級財稅機關幫助納稅人建章建制，提高會計核算水平，規范會計核算手段，努力向查賬征收方式靠攏，為正確計算和繳納稅收奠定基礎。
（四）強化評估職能
建議稅務機關在稅源專業化管理的過程中，以風險管理為導向，進一步強化風險識別、排序和應對的能力。本案中，A公司將分包工程款計入往來科目，而不確認為收入進行申報，本身具有一定的隱蔽性。同時，由于A公司作為企業所得稅核定征收企業，在匯算清繳時不需要提供中介機構出具的審計報告，如果主管稅務機關稍有疏忽就會被其蒙混過關。因此，稅務機關在風險管理中必須另辟蹊徑，如，通過發票金額和申報收入的比對加強管理等。
