“現在國家支持農業的政策好，稅收基本上都免除了。”說到稅收，西安市華縣華州老菜農蔬菜專業合作社的湛小飛語氣很輕松。不過，對于那些采購農產品的流通企業而言，卻因為農產品免征增值稅的政策遇到了一些“麻煩”。 河南大張實業有限公司水果部經理張軍告訴記者，由于生產果蔬的農戶基本上不用交稅，所以在和果農合作時，經常無法開具進項稅發票。這對農戶沒有太大影響，而公司是需要繳納增值稅的，即用銷項稅扣除進項稅，均需要憑發票辦理。 “銷項稅的發票我們有，但進項稅發票拿不到，所以等于我們必須多繳不少的稅。”張軍說，為了尋找能開到進項稅發票的合作社，經常要全國各地跑，“可以說，增值稅是阻礙我們和菜農對接的最大障礙。” 2012年12月26日，國務院總理溫家寶主持召開國務院常務會議，研究確定了降低流通費用的10項政策措施。今年1月11日，國務院辦公廳下發了《關于印發降低流通費用提高流通效率綜合工作方案的通知》（國辦發〔2013〕5號），決定開展農產品增值稅進項稅額核定扣除試點，完善農產品增值稅政策，繼續對鮮活農產品實施從生產到消費的全環節低稅收政策，將免征蔬菜流通環節增值稅政策擴大到部分鮮活肉蛋產品。
此外，《通知》還明確指出，從2013年1月1日至2015年12月31日，免征農產品批發市場、農貿市場城鎮土地使用稅和房產稅。抓緊落實提高小型微型企業增值稅和營業稅起征點政策，減輕流通業小型微型企業稅收負擔。加快推進營業稅改征增值稅試點，完善試點辦法，降低交通運輸業稅收負擔。加快農村市場和農產品流通基礎設施建設。 對于這些舉措，接受本報記者采訪的菜農、超市和批發市場一致叫好。中國農業科學院農業經濟與發展研究所研究員胡定寰表示，減免稅收，可以降低農產品流通的成本，而且通過降低農產品零售的成本，還可以使農產品零售和批發市場的競爭更趨公平合理。 然而，在實際經營中，批發市場和農貿市場等流通環節卻依然存在著各類繁雜的稅收，還需要得到更進一步的政策支持。世界批發市場聯合會理事會理事、全國城市農貿中心（批發市場）聯合會常務副會長馬增俊表示，批發市場和農貿市場除了需要繳納土地使用稅和房產稅，還要繳納所得稅等稅收。而且，批發市場、農貿市場的經銷商也要按照個體企業或者公司經營兩類不同的經營方式繳納所得稅。“尤其是公司經營形式需要繳納的所得稅，稅收還是非常高。”馬增俊希望，一是各個地方的相關部門要盡快出臺細則落實土地使用稅和房產稅減免政策；二是進一步擴大減稅范圍，進一步減輕農產品批發市場、農貿市場和經銷商的負擔。
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