實際上，不征稅收入與免稅收入的一個根本區(qū)別在于：不征稅收入屬非應稅收入，而免稅收入屬應稅收入。因此，財稅[2008]1號明確軟件企業(yè)即征即退增值稅不作為企業(yè)所得稅應稅收入，就應該理解為不征稅收入。
不征稅收入和免稅收入稅收待遇有區(qū)別
在《企業(yè)所得稅法》中，免稅收入是在“稅收優(yōu)惠”一章中出現(xiàn)的，而不征稅收入并未出現(xiàn)在這一章中，這也決定了兩者的稅收待遇不同。
根據(jù)國稅函[2010]79號《關于貫徹落實企業(yè)所得稅法若干稅收問題的通知》規(guī)定，企業(yè)取得的各項免稅收入所對應的各項成本費用，除另有規(guī)定者外，可以在計算企業(yè)應納稅所得額時扣除。而財稅[2011]70號《關于專項用途財政性資金企業(yè)所得稅處理問題的通知》，以及此前的財稅[2009]87號《關于專項用途財政性資金有關企業(yè)所得稅處理問題的通知》都明確，不征稅收入用于支出所形成的費用，不得在計算應納稅所得額時扣除；用于支出所形成的資產(chǎn)，其計算的折舊、攤銷不得在計算應納稅所得額時扣除。
此外，軟件企業(yè)即征即退增值稅款要求的其中一個用途，便是由企業(yè)專項用于軟件產(chǎn)品的研發(fā)，而由于不征稅收入用于研發(fā)費用不能在稅前扣除，當然更不能享受稅前加計50%扣除的優(yōu)惠了。不征稅收入和免稅收入在這種稅收待遇上的區(qū)別，也正是此前圍繞軟件產(chǎn)品即征即退稅增值稅款到底是免稅收入還是不征稅收入，而引發(fā)爭議的原因之一。
即征即退增值稅款并非一定作為不征稅收入
即征即退增值稅款作為不征稅收入，對企業(yè)的主要意義只是延遲納稅，以獲得資金時間價值，而且即使企業(yè)出現(xiàn)虧損，不征稅收入也不會用于彌補虧損，在企業(yè)所得稅年度納稅申報表上，不征稅收入在“納稅調(diào)整前所得”之前已經(jīng)扣除。但正如前文所說，不征稅收入并非屬于稅收優(yōu)惠，有時甚至會對企業(yè)產(chǎn)生不利影響。
那么，軟件企業(yè)即征即退的增值稅款是不是一定就要作為不征稅收入？根據(jù)國家稅務總局[2012]第15號《關于企業(yè)所得稅應納稅所得額若干稅務處理問題的公告》，企業(yè)取得的不征稅收入，凡未按照財稅[2011]70號規(guī)定進行管理的，如未對該資金及以該資金發(fā)生的支出單獨進行核算，則應作為企業(yè)應稅收入計入應納稅所得額，依法繳納企業(yè)所得稅。從這個規(guī)定看，軟件企業(yè)即征即退的增值稅款，并非一定就是作為不征稅收入。
實際上，即使企業(yè)對即征即退增值稅款按照規(guī)定管理，從而作為不征稅收入，該收入的性質(zhì)也并非就永遠不改變。根據(jù)財稅[2011]70號規(guī)定，企業(yè)將符合條件的財政性資金作不征稅收入處理后，在5年（60個月）內(nèi)未發(fā)生支出，且未繳回財政部門或其他撥付資金的政府部門的部分，應全額一次性計入取得該資金第六年的應稅收入總額。當然，該部分資金以后發(fā)生的支出，也允許在以后實際發(fā)生年度稅前扣除。
